电泳色谱仪是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用荷电粒子之间的淌度差异和分配系数差异进行分离，影响电泳速度的因素有颗粒性质、电场强度、溶液性质、温度、电渗和载体孔径等。
一、颗粒性质：
        颗粒的直径、形状和静电荷。
二、电场强度：
        电场强度越大，带电颗粒的电泳速度越快。
三、溶液性质：
        电极溶液和蛋白质样品溶液的pH、离子强度、粘度。
四、温度：
        毛细管内温度升高，使溶液粘度下降，电渗流速度增大。
五、电渗流：
        颗粒运动的方向与电渗流方向一致时，加快颗粒的迁移率。反之亦然。
六、载体孔径：
        小孔径载体有分子筛作用，能依分子大小和带电不同等分离分子，即具有筛分分子的作用。

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