蛋白酶体是催化蛋白酶的大的多亚基，负责大部分细胞质和核蛋白降解，并且它们的结构和功能在真核生物中是保守的。蛋白酶体最初被鉴定为泛素依赖性蛋白水解途径的蛋白水解模块。
植物细胞含有26S和20S蛋白酶体的混合物，其分别介导泛素依赖性和泛素非依赖性蛋白水解。26S蛋白酶体是一种ATP依赖性蛋白酶，它负责许多重要细胞调节因子的降解，特别是那些与多种泛素结合的蛋白酶。26S蛋白酶体含有20S蛋白酶体和一个或两个调节颗粒，这是泛素依赖性降解所必需的。 已有研究表明拟南芥26S蛋白酶体生物发生的减少会导致热休克超敏性和降低细胞分裂速率，其通过增加的细胞扩增来补偿。26S蛋白酶体功能的丧失还导致20S蛋白酶体生物发生增加，其反过来增强细胞降解氧化蛋白的能力，从而增加氧化应激耐受性。
自噬是真核生物中主要的细胞降解途径。研究揭示了自噬在植物生命的许多方面的重要性，包括幼苗建立，植物发育，抗逆性，新陈代谢和繁殖。这证明了自噬在恶劣环境条件下进行大量降解的双重能力，同时高度选择性地靶向特定区域和蛋白质复合物以调节关键的细胞过程，即使在有利的生长条件下也是如此。细胞成分被输送到液泡中使其能够循环利用，尤其是在压力下影响植物代谢组。
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