VEGF家族蛋白基因结构复杂，其中研究最多的为VEGF-A蛋白。VEGF-A基因转录形成的前体mRNA 通过可变剪接，可形成不同片段的VEGF-A 蛋白，分别为VEGF121、VEGF145、VEGF165、VEGF110、VEGF183、VEGF189和VEGF209等。
所有的VEGF-A亚型都有一个共同的区域，由第2-5号外显子编码。第6、7外显子为硫酸肝素糖蛋白(Heparin sulfate proteoglycans, HSPG)的结合位点，第8号外显子可调节内皮细胞的增殖。表达最多的VEGF-A亚型是VEGF121和VEGF165。
VEGF家族蛋白包括VEGF-A、VEGF-B、VEGF-C、VEGF-D、VEGF-E、VEGF-F和胎盘生长因子(Placental growth factor, PIGF)等。近年来该家族又增添了新成员，名为内分泌腺源性血管内皮生长因子EG-VEGF 。