自2003年人类基因组计划精细图绘制完成后，科学界就将后基因组的研究重点放在蛋白质组学上。现在很多蛋白质组学的研究依旧停留在对细胞群和集合的分析上，所以得到的结果其实是大量细胞平均化的结果，这样的结果是没有办法区分单个细胞对样品的抑制性的差异的。因此，对单细胞进行蛋白质组学的研究就显得很有必要了。
 
布鲁克蛋白质组学应用专家Dr. Christoph Krisp在近期的Evosep网络研讨会中，向我们介绍了Evosep One搭配timsTOF SCP，利用Whisper 100 40 SPD (28 min梯度时间/样本)方法应用于从皮克到低纳克HeLa细胞的肽段检测，使用具有平行累积和连续碎裂的数据独立采集 (diaPASEF) 质谱方法获得检测数据。这种组合展示了快速和稳健的色谱分离、蛋白和肽鉴定高重复性和准确定量的优势，同时允许全面的蛋白质组覆盖。

Evosep One高通量蛋白组学分离系统，采用即用即抛的Evotip作为常规耗材，能大幅度简化蛋白组学前处理流程和降低样本残留污染，节省空白样本检测时间；独特的进样方式使小微量样本全部被洗脱进入LC/MS系统，减少由于进样带来的样本损失；同时设备具备创新型高低压管路系统设计，能极大提高样本通量和系统稳定性，可用于单细胞蛋白质组学研究。
  下面来看Dr. Christoph Krisp带来的精彩分享吧~
 
Dr. Christoph Krisp指出，由于蛋白质无法像DNA和RNA一样进行扩增后检测，所以目前对单细胞的研究大多都集中在基因水平或转录水平上，例如单细胞水平的全基因组测序、信使核糖核酸水平的分析，但实现生命功能的最终执行者还是蛋白质。

因为越来越多的研究者把目光放在单细胞蛋白质组学上，所以从2004年起，人们在单细胞蛋白质组学领域的研究就开始逐年攀升，光2021年全年相关领域发文数就已超过50篇。经过业界的不懈努力以及对检测和分析的仪器不断进行更新和改良，利用LC/MS平台研究单细胞蛋白质组学研究已不再是“不可实现的”。
 
2020年12月，Andreas-David Brunner et al. 发表在bioRxiv上的文章显示，利用Evosep联合timsTOF SCP平台，Whisper 100 40SPD和diaPASEF方法，单个Hela细胞可以鉴定得到高达1551个蛋白质组，1 ng Hela蛋白酶解肽段可鉴定超过2500个蛋白质组。

在使用相同的色谱柱和喷针进行数千次不间断运行时，对Evosep One进行系统和方法稳定性评估发现，在数千次运行后仅观察到系统背压增加20 Bar，系统和方法稳定性优异。联合timsTOF SCP diaPASEF方法发现，5 ng Hela蛋白酶解肽段在8个重复样本中，保留时间稳定。
  利用Evosep联合timsTOF SCP进行了Hela细胞蛋白酶解肽段稀释实验，检测了125 pg到20 ng 的10个梯度上样量Hela细胞蛋白酶解肽的鉴定定量情况，每个上样量设置6个重复样本。实验结果表明，只需250 pg上样量即可获得高达1500个蛋白鉴定数，从125 pg到20 ng 10个梯度上样量与蛋白质组曲线下面积有良好的线性关系。
 
文章小结
Evosep One搭配timsTOF SCP（diaPASEF）采用Whisper 100 40 SPD（30 min梯度时间/样本）的小微量样本检测方法能有效且可靠地完成单细胞蛋白质组学检测，是可行且可靠的单细胞蛋白质组学检测平台。250 pg肽段上样量即可获得高蛋白和肽段鉴定数，125 pg到20 ng上样量10个梯度上样量与蛋白质组曲线下面积有良好的线性关系。
Webinar会议视频如下：
 
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