定量分析ChIP-qPCR数据的方法：Percent Input法和富集倍数法步骤介绍
2023-02-22 来源:本站 点击次数:4940
ChIP-qPCR 数据需要针对可变性来源进行标准化，包括染色质数量、免疫沉淀的效率（富集效率）和 DNA 回收率。
两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法（Fold Enrichmen）。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复，尽可能将结果与背景信号和标准误差一起显示。
Percent Input法
使用这种方法，从ChIP获得的信号除以从input样本中获得的信号。input样本代表ChIP中使用的染色质数量。通常1%的起始染色质用作input。
示例：计算input百分比
注意：如果起始input为1%，则从稀释input的Ct值中减去100或6.644 cycles（100的log2）的稀释因子（DF）。
富集倍数法
这种标准化方法也称为“背景信号”或“相对无抗体对照”。该方法将ChIP 信号除以无抗体信号，将ChIP信号表示为信号相对于背景信号的倍数增加。该方法建立在背景信号的水平在不同的引物组、样品和重复实验间可重复的假设上。背景信号水平在引物组、样品和实验之间有所不同。
两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据方法——Percent Input法和富集倍数法（Fold Enrichmen）。与input相关的ChIP-qPCR数据包括ChIP的背景水平和input染色质的标准化。建议ChIP 实验重复，尽可能将结果与背景信号和标准误差一起显示。
Percent Input法
使用这种方法，从ChIP获得的信号除以从input样本中获得的信号。input样本代表ChIP中使用的染色质数量。通常1%的起始染色质用作input。
示例：计算input百分比
注意：如果起始input为1%，则从稀释input的Ct值中减去100或6.644 cycles（100的log2）的稀释因子（DF）。
富集倍数法
这种标准化方法也称为“背景信号”或“相对无抗体对照”。该方法将ChIP 信号除以无抗体信号，将ChIP信号表示为信号相对于背景信号的倍数增加。该方法建立在背景信号的水平在不同的引物组、样品和重复实验间可重复的假设上。背景信号水平在引物组、样品和实验之间有所不同。
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