用其他技术从克雷伯杆菌I-714中分离内毒素和外毒素比用两相清除法更为困难。Adam等采用三硝基甲苯X-114进行两相分离前后内毒素浓度相差100倍,最终的内毒素量为30EU/mg,脂多糖的生物活性丢失50%。Cotton等的结果与此相似,大约100倍的内毒素从质粒DNA中被清除,最终的内毒素含量是0.1EU/6ug DNA。此外,他们采用多黏菌素B作为吸附剂取得更好的效果。Liu等也使用三硝基甲苯X-114双相抽提法(图35-1)和亲和吸附剂对重组蛋白质如心肌钙蛋白Ⅰ肌红蛋白和肌酸激酶同工酶的去内毒素污染进行了验证。他们得出结论,相分离是最有效的方法,可以清除内毒素达98%~99%,最终的残留量为2.5~25EU/mg不等,具体因蛋白质的不同而异。
由于总有一定量的去污剂残留在蛋白质溶液中,这就需要用吸附活凝胶渗透层析法将其去除,而这又造成了10%~20%的产物丢失,且由于总要重复多次而费时费力。温度的波动使得一次进行大规模的操作有困难,而且这样又限制了那些生物多聚体分割成水相,特别是对于疏水的蛋白质和DNA来说。