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ToolBox在差异分析中火山图上标记基因并局部放大的方法

2023-10-17     来源:本站     点击次数:1566

在差异分析中,我们有时会着重关注上调/下调差异基因,并会在火山图上标注感兴趣的基因。借助SBC ToolBox在线绘图工具,我们可以在火山图上标注基因,并将指定区域放大展示。

 

火山图

登录站点:

https://www4.shbiochip.com/V2023/SCTP/STV/

火山图横轴为log2FC,纵轴为显著性p-value,红色点代表显著上调基因,蓝色点代表显著下调基因。

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首先上传画图数据,格式如下(需要有表头):

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数据上传完毕后,点击“提交分析”,即可在“输出结果展示”界面看到默认参数下生成的图片。在“参数调整设置”中可以对图片进行自定义调整,例如点的颜色/大小/透明度、差异基因筛选标准、坐标轴名称、主题、界限颜色/宽度/类型。

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将主题改为Bw,背景增加灰色网格线。修改界限类型为虚线,并将点放大,得到以下图片:

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进行基因标注时,将一列GeneSymbol复制到“基因标记”输入框,即可完成标注:

图片

 

局部放大火山图

登录站点:

https://www4.shbiochip.com/V2023/SCTP/zmIn/

如果关注上调/下调差异基因,我们可以将该区域局部放大。例如要将上调基因区域放大,在“参数调整设置”中修改以下参数:

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生成结果如下,右边的上调基因区域被放大,图中仍可进行基因标注:

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以上就是使用在线工具得到的绘图结果。SBC ToolBox共有七十余个绘图工具,目前还在持续更新中,注册后即可免费绘制各种自定义图片,快来看看吧。

SBC ToolBox:https://www4.shbiochip.com/SBCToolBox/

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