差异表达蛋白指的是在不同生物样本或不同处理条件下，其表达水平发生显著变化的蛋白质。这种差异表达的观察对于理解细胞生理和疾病机制是非常重要的。例如，在健康和疾病状态下，或者在正常和受到某种处理的细胞之间，某些蛋白质可能会上调或下调。

1、检测方法：

最常用的技术是质谱法，特别是液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）。此外，双向电泳和Western blot也经常被用来研究蛋白质的差异表达。

2、定量方法：

可以使用标记或非标记的定量策略来定量蛋白质在不同样本中的丰度，从而确定哪些蛋白是差异表达的。

3、生物学意义：

差异表达的蛋白质可以为生物过程、细胞通路或疾病提供重要信息。例如，某些差异表达的蛋白可能与疾病进展、药物反应或细胞应激反应有关。

4、应用：

差异表达蛋白的研究在许多领域都有应用，包括癌症、神经退行性疾病、代谢性疾病等。此外，它们也可以作为疾病标记物或药物靶点。

图1.差异表达蛋白聚类折线图

注：x轴表示样品分组，y轴表示表达量。黑色线条表示这个cluster中的所有蛋白在不同实验条件下相对表达量的平均值的折线图。

研究差异表达蛋白是蛋白质组学的核心领域，它为我们提供了关于细胞和组织在不同条件下的功能和状态的宝贵信息。