"De novo"（从头）测序是用于确定新的或未知的蛋白质或肽段的氨基酸序列的技术。这种方法特别适用于那些在现有数据库中没有的蛋白质或肽段。以下是关于"De novo"测序如何用于解析蛋白质结构与功能的概述：

图1

一、De novo测序的基础

De novo测序主要依赖于质谱技术，尤其是串联质谱（Tandem Mass Spectrometry, MS/MS）。在该技术中，肽段首先被电离，然后在质谱仪中进一步分裂为更小的碎片。这些碎片的质量随后被测量，用于推断原始肽段的氨基酸序列。

二、解析蛋白质结构

1.氨基酸序列:

一旦确定了蛋白质或肽段的氨基酸序列，该信息就可以用于预测蛋白质的三维结构。现代的计算方法和算法，例如AlphaFold，可以基于氨基酸序列进行这样的预测。

2.模拟和对接:

知道蛋白质的结构之后，可以使用分子模拟技术来模拟蛋白质的动态行为，或者进行分子对接实验，以研究蛋白质与其他分子（如配体或其他蛋白质）之间的相互作用。

三、功能解析

1.同源性搜索:

通过与已知蛋白质比较其序列，可以对未知蛋白质的功能进行预测。如果新的蛋白质序列与已知功能的蛋白质高度相似，那么可以推断出它们可能具有类似的功能。

2.功能实验:

实验方法，如基因敲除、过表达或结合实验，可以进一步用来确定蛋白质的确切功能。

3.结构域分析:

识别蛋白质中的结构域有助于预测其功能，因为许多结构域与特定的生物功能相关联。

四、优点和挑战

1.优点:

De novo测序允许研究人员获得那些尚未被鉴定或在数据库中不存在的蛋白质的完整氨基酸序列。

2.挑战:

由于碎片解析的复杂性和可能的多种序列排列，从碎片质谱中推断原始肽段的序列是具有挑战性的。

De novo测序为蛋白质的结构和功能解析提供了强大的工具，尤其是当目标蛋白质的信息在现有的数据库中不存在时。