实验数据说话：不同型号超声波DNA打断仪的实际效果对比
2025-02-17 来源:本站 点击次数:163
实验目的：将全基因组DNA样品进行200-500bp区间的均一性片段化处理。
实验仪器及材料：
1.实验仪器：本次实验选用三款非接触打断仪器如下：小美超声-高通量声波基因组剪切仪、bioruptor-非接触式超声破碎仪、小美超声-聚能式超声波DNA打断仪。
2.实验材料：核酸浓度为160 ng/μL的全基因组DNA溶液。
实验步骤：
1.提前15分钟将三款仪器的冷水机启动，设置温度为4℃。
2.将每个爱思进品牌的1.5 mL EP管加入100 μL 浓度为160 ng/μL的全基因组DNA溶液。
3.将2管装好样品的1.5 mL EP 管分别放入三款仪器的适配器当中，其他空余的孔位由加同样体积水的1.5 mL EP 管补齐。
4.程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟和20分钟，二个梯度对比。
5.程序结束后，取出样品使用毛细管电泳进行基因组片段化检测。
实验结果：
1.小美超声-高通量声波基因组剪切仪
①程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟
平均片段大小：310.0 bp
②程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔10s，总时长20分钟
平均片段大小：300.1 bp
2.bioruptor-非接触式超声破碎仪
①程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟
平均片段大小：432.9 bp
②程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长20分钟
平均片段大小：405.8 bp
3.小美超声-聚能式超声波DNA打断仪
①程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟
平均片段大小：365.5 bp
②程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长20分钟
平均片段大小：388.1 bp
4.三款仪器实验结果汇总
注：当基因组片段在200-500 bp区间占比越高，峰图越平缓状时，说明基因组片段的均一性更好，反之亦然。
在样品、程序设定等条件相同的情况下，bioruptor的非接触式超声破碎仪和小美超声的聚能式超声波DNA打断仪在200-500 bp区间占比分别达到58.3%和65.4%，且二者峰图呈陡坡状，表明基因组片段化均一性差。
小美超声的高通量声波基因组剪切仪在200-500 bp区间占比达到64.7%，峰图呈平缓状，表明基因组片段均一性更好。
实验仪器及材料：
1.实验仪器：本次实验选用三款非接触打断仪器如下：小美超声-高通量声波基因组剪切仪、bioruptor-非接触式超声破碎仪、小美超声-聚能式超声波DNA打断仪。
2.实验材料：核酸浓度为160 ng/μL的全基因组DNA溶液。
实验步骤：
1.提前15分钟将三款仪器的冷水机启动，设置温度为4℃。
2.将每个爱思进品牌的1.5 mL EP管加入100 μL 浓度为160 ng/μL的全基因组DNA溶液。
3.将2管装好样品的1.5 mL EP 管分别放入三款仪器的适配器当中，其他空余的孔位由加同样体积水的1.5 mL EP 管补齐。
4.程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟和20分钟，二个梯度对比。
5.程序结束后，取出样品使用毛细管电泳进行基因组片段化检测。
实验结果：
1.小美超声-高通量声波基因组剪切仪
①程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟
平均片段大小：310.0 bp
| 片段范围 bp | 占比 % |
| 25-100 | 4 |
| 100-200 | 21.3 |
| 200-500 | 64.7 |
| 500-904 | 10 |
②程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔10s，总时长20分钟
平均片段大小：300.1 bp
| 片段范围 bp | 占比 % |
| 25-100 | 4.2 |
| 100-200 | 22.7 |
| 200-500 | 64.3 |
| 500-904 | 8.8 |
2.bioruptor-非接触式超声破碎仪
①程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟
平均片段大小：432.9 bp
| 片段范围 bp | 占比 % |
| 24-100 | 1.4 |
| 100-200 | 7.8 |
| 200-500 | 58.3 |
| 500-891 | 32.5 |
②程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长20分钟
平均片段大小：405.8 bp
| 片段范围 bp | 占比 % |
| 24-100 | 1.5 |
| 100-200 | 9.5 |
| 200-500 | 63.2 |
| 500-904 | 25.8 |
3.小美超声-聚能式超声波DNA打断仪
①程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长15分钟
平均片段大小：365.5 bp
| 片段范围 bp | 占比 % |
| 24-100 | 2.1 |
| 100-200 | 13.6 |
| 200-500 | 65.4 |
| 500-904 | 18.9 |
②程序设置：温度4℃，超声工作时间20s 间隔时间10s，总时长20分钟
平均片段大小：388.1 bp
| 片段范围 bp | 占比 % |
| 24-100 | 1.9 |
| 100-200 | 12.3 |
| 200-500 | 62.2 |
| 500-904 | 23.6 |
4.三款仪器实验结果汇总
| 总时长15分钟 200-500 bp区间占比 |
总时长20分钟 200-500 bp区间占比 |
峰图趋势 | |
| 小美超声-高通量声波基因组剪切仪 | 64.7% | 64.3% | 平缓 |
| bioruptor-非接触式超声破碎仪 | 58.3% | 63.2% | 陡坡 |
| 小美超声-聚能式超声波DNA打断仪 | 65.4% | 62.2% | 陡坡 |
注：当基因组片段在200-500 bp区间占比越高，峰图越平缓状时，说明基因组片段的均一性更好，反之亦然。
在样品、程序设定等条件相同的情况下，bioruptor的非接触式超声破碎仪和小美超声的聚能式超声波DNA打断仪在200-500 bp区间占比分别达到58.3%和65.4%，且二者峰图呈陡坡状，表明基因组片段化均一性差。
小美超声的高通量声波基因组剪切仪在200-500 bp区间占比达到64.7%，峰图呈平缓状，表明基因组片段均一性更好。
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