猪乙型脑炎病毒（Japanese Encephalitis Virus，JEV，又称日本脑炎病毒）属于黄病毒科黄病毒属，其基因组为单股正链 RNA，编码 3 种结构蛋白（C、prM/M、E）和 7 种非结构蛋白（NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B、NS5）。这些蛋白在病毒复制、组装、免疫逃逸及致病过程中发挥关键作用，以下分类详述：

• 功能： 
  • 与病毒 RNA 结合形成核衣壳（衣壳），保护基因组免受外界环境破坏，并参与病毒的组装与释放。
  • 具有一定免疫原性，可诱导机体产生非中和性抗体（主要为 IgG），但无法阻止病毒感染细胞。
• 特点：
  序列高度保守（不同 JEV 毒株间同源性＞90%），是血清学诊断（如 ELISA 检测）的常用靶标，可用于判断机体是否感染过 JEV（但不能区分疫苗免疫与野毒感染）。

• 功能： 
  • prM 是 M 蛋白的前体，在病毒颗粒成熟过程中，prM 被蛋白酶切割为 M 蛋白，释放到细胞外的成熟病毒粒子中仅含 M 蛋白。
  • prM 可稳定 E 蛋白的构象（尤其在病毒未成熟阶段），防止 E 蛋白过早发生融合反应；M 蛋白则嵌入病毒包膜，辅助病毒粒子的形态维持。
• 免疫原性：prM 蛋白的免疫原性较弱，诱导的抗体中和活性低，但可作为感染的辅助诊断指标（与 E 蛋白抗体联合检测）。

• 功能：
  是 JEV 最重要的结构蛋白，以二聚体形式镶嵌于病毒包膜表面，具有多重关键作用： 
  • 病毒入侵：E 蛋白的结构域 III（Domain III）含与宿主细胞受体（如树突状细胞特异性细胞间黏附分子 - 3 结合非整合素，DC-SIGN）结合的位点，介导病毒进入细胞；同时，E 蛋白可在酸性环境下发生构象变化，促进病毒包膜与宿主细胞膜融合。
  • 免疫原性：E 蛋白是 JEV 免疫原性最强的蛋白，其诱导的抗体中90% 以上为中和抗体，可特异性结合 E 蛋白的功能位点（如 Domain III 的受体结合区），阻断病毒与宿主细胞的结合或抑制膜融合，从而中和病毒。
  • 病毒组装：与 prM/M 蛋白协同作用，参与病毒粒子的成熟与释放。
• 特点：
  序列相对保守（不同毒株同源性约 80%-90%），但其 Domain III 的变异可能影响病毒的宿主范围或免疫逃逸；是疫苗研发的核心靶点（如灭活疫苗、减毒活疫苗、亚单位疫苗均以 E 蛋白为主要抗原），诱导的中和抗体水平是评估疫苗保护力的关键指标。

• 功能： 
  • 参与病毒 RNA 复制（与复制复合体结合，维持其活性）；
  • 可分泌至细胞外（形成六聚体），诱导机体产生特异性抗体（无中和活性，但具有补体依赖的溶细胞作用）；
  • 抑制宿主的 I 型干扰素（IFN-α/β）应答，帮助病毒逃逸先天免疫。
• 应用：NS1 抗体可作为 JEV 急性感染的诊断指标（感染早期即出现，且与疫苗免疫无交叉反应，因疫苗通常不含 NS1 蛋白）。

• 功能：
  具有多重酶活性，是病毒复制的 “分子机器”： 
  • 蛋白酶活性：与 NS2B 形成复合体，切割病毒前体蛋白（将结构蛋白和非结构蛋白分离）；
  • 解旋酶活性：解开病毒 RNA 双链，为复制提供单链模板；
  • 核苷三磷酸酶（NTPase）活性：为 RNA 解旋提供能量。
• 特点：序列高度保守，是抗病毒药物设计的潜在靶点（如抑制其蛋白酶或解旋酶活性可阻断病毒复制）。

• 功能：
  是病毒最大的非结构蛋白，具有两种核心酶活性： 
  • RNA 依赖的 RNA 聚合酶（RdRp）：催化病毒 RNA 的复制（以病毒基因组为模板合成新的 RNA）；
  • 甲基转移酶（MTase）：修饰病毒 RNA 的 5' 端（形成帽子结构），保护 RNA 不被宿主核酸酶降解，并帮助病毒 RNA 逃逸宿主的先天免疫识别（如避免被 RIG-I 样受体识别）。
• 特点：序列保守性高，是 RdRp 抑制剂（如核苷类似物）的主要作用靶点，也是分子诊断中检测 JEV 的常用靶标（通过扩增 NS5 基因片段）。

• 多为辅助蛋白，功能尚未完全明确，已知： 
  • NS2B 是 NS3 蛋白酶的辅助因子，稳定其活性；
  • NS4A、NS4B 可抑制宿主的 I 型干扰素信号通路（如降解 STAT1 蛋白），增强病毒的免疫逃逸能力；
  • NS2A 可能参与病毒粒子的组装与释放。

1. 疫苗研发：E 蛋白是核心抗原（如目前使用的 JEV 灭活疫苗、减毒活疫苗均以完整病毒粒子为基础，其免疫保护力主要依赖 E 蛋白诱导的中和抗体；新型亚单位疫苗、病毒载体疫苗也以重组 E 蛋白为核心）。
2. 诊断技术： 
   • 检测 E 蛋白抗体（中和抗体）评估机体免疫力；
   • 检测 NS1 蛋白或 NS1 抗体诊断急性感染（区分疫苗免疫与野毒感染）；
   • 通过 C 蛋白、E 蛋白或 NS5 基因片段进行病毒核酸检测（如 RT-PCR）。
3. 抗病毒药物靶点：NS3（蛋白酶 / 解旋酶）、NS5（RdRp / 甲基转移酶）是目前抗 JEV 药物研发的重点（如针对 RdRp 的抑制剂已在体外实验中显示出抗病毒活性）。

猪乙型脑炎病毒的蛋白中，E 蛋白是决定病毒感染性和免疫原性的核心，其诱导的中和抗体是机体抵御感染的关键；非结构蛋白（尤其是 NS3、NS5）是病毒复制的 “核心工具”，也是防控技术（药物、诊断）的重要靶点。理解这些蛋白的功能，对 JEV 的疫苗优化、诊断试剂开发及抗病毒策略设计具有重要指导意义。