CosMx™ SMI单细胞空间原位分子成像平台，结合了超高分辨率成像技术和多靶标检测能力，能够在单细胞及亚细胞分辨率下对多达6000种RNA和64种经过验证的蛋白质的空间原位信息进行可视化和定量分析。

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近日，上海生物芯片公司利用CosMx™ SMI（1000 gene panel）对人扁桃体癌样本进行分析，目前已顺利完成实验及下游生信分析，相关数据如下所示：
 

组织FOV圈选荧光图

CosMx™ SMI数据展示
 

从测试数据来看，在样本选取的40个FOV中，检测到的细胞数达到17万多，检测到的总转录本数超过35M，平均单个细胞的转录本约210条，单个细胞最高基因检出数为564，灵敏度高且特异性表现较好。
 
CosMx™ SMI通过基于抗体的组织标记和AI的多模式细胞分割方法实现精确的细胞界定，在质控后实现下游的数据分析和可视化。分析内容包括空间背景下的细胞聚类分析、空间聚类分析、差异表达、空间邻域分析及共表达分析等。
 
01 基础分析——结果展示
 
通过选取感兴趣区域进行FOV圈选，获得每个FOV中的转录本信息进行分析。首先可以进行细胞聚类并结合单细胞注释marker确定不同细胞聚类所属的细胞类型，然后通过空间聚类分析，确定细胞类型的空间分布以及每个FOV中各细胞类型的占比，并通过差异分析，比较组织不同空间区域的细胞类型及基因表达差异，从而确定关键细胞类型的空间分布及关键靶点。
 

细胞分割图

细胞聚类分析

空间聚类分析

不同FOV中各细胞类型的占比
 

还可以进行细胞共邻域分析（CNA）分析，通过识别转录空间中的小区域组（被称为邻域）在不同样本中的丰度共同变化，识别相关的细胞群，描述不同样本的主导变化轴，从而更准确地识别疾病相关的细胞状态。
  

空间邻域分析
 

02 其他分析——结果展示
 
此外，还可以根据老师的具体的需求，实现空间背景下细胞共定位、细胞通讯、信号通路、空间网络及可视化等分析，更加深入探索组织背后的生物学信息。
 

基因共表达分析

细胞共表达分析

通路分析

CosMx SMI系统具有简单的样本制备流程和稳定的原位杂交化学原理，能够兼容多种组织类型的检测，包括新鲜冷冻组织（FF）、福尔马林固定石蜡包埋组织（FFPE）以及组织芯片（TMA）等。目前已有panel能够实现对1000种RNA和64种蛋白进行检测，并且已推出提供6000种RNA检测方案（已可进行预订采购），在保留靶标基因在组织原位空间信息的基础上，实现更高的基因组覆盖度，支持研究人员透彻解析组织和细胞异质性，深入研究背后的生物学功能，发现重要的生物标志物。