单细胞RNA测序(scRNA-seq)正在迅速成为药物研发中的标准方法,在多个治疗领域内逐渐取代传统的混合RNA测序技术。总部位于加利福尼亚州旧金山的Tahoe Therapeutics正在使用scRNA-seq技术来生成全球最大的单细胞数据集。该公司将ASSIST PLUS移液工作站与Parse Biosciences的Evercode™技术相结合,以流畅推进其研究突破,提高可靠性,并将手工操作时长缩短高达75%。
药物研发中的单细胞RNA测序
Tahoe Therapeutics(原Vevo Therapeutics)成立于2022年,其目标是利用单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)构建全球最大的图谱来描绘药物如何与患者细胞相互作用。该公司已针对多种癌症类型并行开展了数个项目,并且目前正在将研究扩展到更广泛的治疗领域,包括心血管、代谢以及神经退行性疾病等。
Tahoe Therapeutics之所以选择这种方法,是因为 scRNA-seq能够产出的数据量远超传统测序工作流程。公司联合创始人兼首席科学官Johnny Yu解释说:“scRNA-seq使我们得以深入了解不同细胞类型对药物的不同反应,而常规的混合测序则很难揭示这些差异。我们使用高通量方法在单细胞水平上产生了大量数据。公司的首个数据集Tahoe 100 million是该领域有史以来规模最大的。实际上,它将过去十年累计生成的公开数据总量翻了一番。”
自动化优化工作流程
Tahoe Therapeutics利用复杂的生物模型系统开发了自己的生物检测方法。近日,公司使用Parse Biosciences的Evercode试剂盒来进行单细胞RNA测序(scRNA-seq),以确保数据生成的可扩展性,从而为其药物研发模型提供信息。该公司的目标是构建全球最大的scRNA-seq数据集,因此,实验室自动化对其团队而言至关重要。“我们很快便意识到,随着生成的数据越来越多,不断拓展该领域的边界,我们也迫切地需要机器人和高通量的解决方案,”Johnny补充说。
基于
INTEGRA与Parse Biosciences的合作,前者的解决方案自然成为了Tahoe Therapeutics满足其自动化需求的首选,这些经过验证的全流程方案覆盖了scRNA-seq样品制备每个阶段。Johnny及其团队使用
ASSIST PLUS移液工作站配合8通道的
VIAFLO手持式电动移液器实现了Evercode sc-RNA-seq工作流程的自动化。“ASSIST PLUS移液工作站的主要优势之一是其灵活性。该系统专门为Parse Evercode单细胞工作流程内置了预设方案,同时我们也能快速编制不同的程序,以完成scRNA-seq样品制备之外的各种任务。”Johnny解释道:“这一点非常重要,因为像我们这样的小型实验室需要运行很多不同的流程。”对于一个技能组合多样的小团队而言,易于编程,能够从容应对多种任务是至关重要的。“ASSIST PLUS与其他昂贵的自动化解决方案的重要区别之一在于,你不必是一位拥有多年系统经验的自动化工程师,”Johnny说道。“我们的两位方法开发人员没有任何自动化背景,但他们却能快速地将新方法推广给团队的其他成员。”
该团队的工作流程需要基于精确的时间节点紧密协调,同时,活细胞的操作则必须快速而轻柔。INTEGRA自动化解决方案的速度配合Parse Biosciences的产品,能够并行处理大批量的生物样本。随着Tahoe Therapeutics研究规模的扩大,其构建的数据集规模将超过Tahoe 100 million这一创纪录集合的50倍,因此,这套系统的速度、准确性和可重复性将是至关重要的。“自动化大大提高了我们的数据生成通量,使工作流程中的单细胞制备效率提升了5倍以上,”Johnny解释道。“最重要的是,它非常精确——你不必再受制于手动操作难以避免的差异性了。”

图片由TAHOE提供
出色的客户服务与技术支持
INTEGRA的自动化实验室解决方案已成为公司运营的必备要素,因此,高水平的客户服务与技术支持也变得非常重要。Tahoe Therapeutics团队享受了全天候的快速响应服务,并且获得了定制化的购买建议来帮助其简化工作流程。“INTEGRA的服务和销售是紧密结合的,我认为这样非常有帮助,”Johnny解释道。“我与我们的销售代表相熟,有一次甚至在她飞行途中联系过,我相信她会站在我们团队一边,找到解决当前问题的正确方案。我认为这种关系是INTEGRA与众不同的原因之一。”
浑然一体的液体处理和二代测序平台
INTEGRA自动化移液工作站与Parse Biosciences单细胞测序方案的结合,为Tahoe Therapeutics提供了一套协调统一的解决方案。ASSIST PLUS强大而直观的编程与操作方式,加上INTEGRA出色的技术支持,使该公司得以不断突破行业边界,并且领先于使用老旧技术的竞争对手。“许多最新的生物制药研究仍然基于混合RNA测序这种十年之前的方法,”Johnny说。“我们所使用的技术使我们能够超越众多的生物制药公司,以更少的仪器、试剂和资金构建出更大的数据集。”
ASSIST PLUS广泛适用于各种生命科学应用,包括scRNA-seq。浏览我们的应用页面,了解这款功能强大的移液工作站如何简化您的实验室流程。