罗氏 454 GS FLX 系统用于西红柿基因组测序

2012-07-10 来源:本站点击次数:2257

罗氏 454 GS FLX 系统用于西红柿基因组测序

最近，西红柿基因组学会完成了一个农业种植西红柿品系Solanum lycopersicum的基因组图谱，以及一个野生型西红柿品系S. pimpinellifolium的基因组图谱，并将其与已知的土豆基因组以及其他植物比较，寻找与水果有些特性相关的基因，相关文献在Nature杂志作为封面文章发表¹。

西红柿不但是重要的经济作物，也作为研究有花植物非常重要的研究模型。通过更多的西红柿不同品种的测序研究，能够掌握更多性状相关的信息，从而帮助农业育种以及有花植物研究工作。

此次研究中使用了454 GS FLX 测序，获得了Solanum lycopersicum基因组约900 Mb的数据，与Sanger测序结果结合，拼接出700 Mb的基因组图谱，仅含有91个scaffolds。以此为基础，对野生型的S. pimpinellifolium基因组则通过短读长平台进行测序，获得约740 Mb数据。两个基因组共发现540万个SNP，60%的基因由两者共享或其仅为同义突变，而其他约40%的基因存在影响了两者蛋白质表达的差异。

通过与同属茄属的土豆，及蔷薇类植物基因组如葡萄、拟南芥基因组的比较发现，西红柿基因组在进化过程中有两次基因组的三倍复制事件(triplicate)。其中一次发生在有花植物中的茄属植物及蔷薇类植物分化前，该基因组复制的结果由两者共享，而另外一次更近期的基因组复制事件发生在茄属内由西红柿和土豆基因组共享。

同时研究人员还对西红柿的不同组织进行了转录表达研究、SNP等研究，发现与西红柿重要性状相关的基因，例如果实的风味，颜色，质地，抗病虫害能力等。

454的长度长测序平台完成西红柿基因组再次表明了其在复杂动植物基因组测序中所拥有的优势。

1. The Tomato Genome Consortium. 2012. The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. Nature. doi:10.1038/nature11119