一、科技论文绘图概论 |
科技期刊对绘图(figure)的具体要求和各种图片格式及应用场景介绍;根据具体要求联合应用Photoshop和Illustrator进行单张图片的调整、整合和输出;图片细节的调整和美化,包括线条的快速调整、标尺的制作、文字的编排等;利用Mindmanager和亿图图示专家等专业软件进行 “思路图”和科研项目流程图的绘制。 |
二、R语言基础 |
R语言简介、功能及基本语法介绍 |
三、R语言功能及应用案例 |
R语言简介、功能及基本语法介绍及实际操作
1)(散点图--点线混合图、并列散点图、坐标对数化
2)条形图-标准条形图、推积条形图、邻接条形图、Error Bar 形
3)图文氏图
4)饼图--二维饼图、三维饼图
5)盒形图--(箱线图)
6)经验分布图
7)频率直方图
8)及热图(三种热图不同作图方法)等的绘制 |
四、ggplot2的使用 |
掌握ggplot2绘图相关命令,以及常见图表(条形图,折线图,散点图,直方图以及密度图等。添加注释,分页以及配色,坐标轴调整) |
五、R在统计学中的应用 |
使用R做一些常用的统计分析。假设检验;回归分析、方差分析;主成分分析、聚类分析等等(以生物、医学和生态相关内容为例) |
六、使用R语言进行生物信息学相关的分析 |
使用R语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。 |
生物信息学专业图KEGG、GO等的绘制方法与运用R语言进行实现 | |
七、进化分析及作图 |
基本进化树构建方法(MEGA),模型评估(MEGA),进化树注释(Evolview) |
八、科技论文绘图及修图基础 |
科技论文图表要求;
绘图基础知识、图文件类型、来源与绘制方法介绍;
常规绘图与实现方法及软件学习(powerpoint、visio、adobe illustrator等) |
九、生物信息学专业常用工具及绘图方法 |
运用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换;
学BioEdit、WeGO等常用生物学专业软件的图表及格式转换 |
十、数据分析绘图工具origin的使用 |
使用origin软件进行图形绘制、编辑以及曲线拟合等数据分析操作 |
十一、基因组可视化软件circos的使用 |
使用circos绘制基因组圈图 |