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安捷伦全新白皮书下载:病毒测序的质量控制步骤

2023-12-01     来源:安捷伦科技     点击次数:4962

 
伴随着 2019 年 SARS-CoV-2 的爆发,快速、高通量地识别和检测病毒的高通量测序技术迅速成为帮助了解病毒传播地点和传播速度的必备手段。病毒测序对于检测以及追踪、监测和识别新变异必不可少。二代测序 (NGS)已拥有多种成熟的应用方案,而质量控制步骤对于确定起始核酸和文库的完整性、分子量和浓度至关重要,可以保障成功的实验与可靠的测序结果。在本白皮书中,我们通过对各类文献的检索,整理并展示了安捷伦自动化电泳系统是如何集成到从低通量到高通量的病毒测序 NGS 工作流程中,帮助实现高效、稳定的样品质量控制 (QC)。
 
 
通过本书,您将了解到:
  • 如何评估病毒 RNA 提取流程
  • 病毒 DNA 或 cDNA 的质量控制
  • 片段化和文库构建的质量控制
  • 病毒变异检测的质量控制
  • 病毒检测中的质量控制
 
扫码填写完整信息即可下载NGS全流程质控白皮书,了解最详细的NGS质控
   
目前,科学家已开发出多种测序方法,可以检测复杂生物样本中的已知病毒和新型病毒。测序数据的可靠性和质量很大程度上取决于起始材料的完整性和文库制备过程。病毒基因组由单链或双链 RNA或 DNA 组成,其大小和组成可能千差万别。通常,病毒核酸与宿主基因组一起提取,其中病毒成分的含量相对较低。由于病毒和宿主基因组非常不同,很有必要优化从宿主核酸中提取病毒核酸以及单独扩增病毒基因组的方案。
 
一般而言,对各种来源的起始 DNA 和RNA 进行质量控制 (QC),有助于确定哪些样本适合测序。其中包括检查起始核酸的完整性、分子量和浓度。现有的各种提取方法和试剂盒会在所提取核酸的分子量、分布和浓度方面引入较大的变异性。因此,用于二代测序分析的核酸起始材料的完整性可能存在很大的差异。例如,来源于福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织和旧材料的样品往往因化学固定、存放时间、温度升高或紫外线辐射而降解。并且, RNA 和 DNA 还容易因酶解和处理不当而降解。此外,生物样本的收集、处理、储存和运输等分析前流程会影响核酸的完整性。如果样本产生明显降解,仅存在小片段,则会导致测序数据不佳、目标编码区域丢失以及全长RNA 和 gDNA 序列出现缺口。处理过程和环境影响永远无法得到完全控制,并且影响样本质量的因素非常多,因此非常有必要监测起始材料的质量。

安捷伦提供一系列自动化电泳仪器,包括生物分析仪、片段分析仪和 TapeStation系统,它们均是核酸质量控制的理想选择。样本检测的结果会自动显示在数字化胶图、电泳图以及包含分子量、浓度和摩尔浓度信息的表格中。每台仪器仅需 1–2 µL 样品即可进行分析,可以节省原始核酸样本以用于病毒测序分析。仪器具有高灵敏度,可以检测极低浓度的样品。无论是低通量还是高通量实验室,安捷伦全系列自动化电泳仪器总能满足您的需求。
 
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