在之前举办的NGS系列讲座中,我们邀请专家为您介绍了从样本制备到数据解读报告的全面NGS技术应用。讲座收到了众多反馈与咨询,在此我们总结出最受关注的7大问题,与您分享。
1 QIAGEN的靶向基因扩增试剂盒能用在哪些NGS平台?
GeneRead DNAseq Targeted Panels V2适用于Illumina®和Ion Torrent®测序仪。靶向富集后,您可依据所用的测序平台,使用QIAseq 1-Step Amplicon Library Kit(用于Illumina测序仪)或GeneRead DNA Library Core L Kit(用于Ion Torrent测序仪)进行测序文库制备。
2 采用DNA靶向技术进行液体活检cfDNA测序时,最小测序深度建议是多少?
对于体细胞突变的位点的鉴定,我们建议测序深度为1500x。
3 PCR富集方法和捕获富集法二者有何不同?我应该用哪种方法?
芯片或杂交捕获法适用于测序靶标较长的情况。PCR富集方法则适用于目标长度在1 Mb左右的靶标富集。因此您需要依据研究需求选择富集方法。PCR法特异性更高、均一性更好、可重复性更强。
PCR富集法 |
杂交富集法 | |
特异性 |
93% |
80% |
均一性 |
80% |
61% |
可重复性 |
100% |
95% |
4 QIAGEN的富集方法能够检测哪些类型的变异?
您可检测点突变、插入/缺失突变和拷贝数变化。
5 我可以只为需要研究的位点定制panel吗?
是的,您可使用GeneRead DNAseq Custom Builder定制您实验所需的多重PCR靶向富集panel。
6 我从液体活检样本中能获得多少DNA?
从1 ml的血浆中能获得约1–50ng的游离循环DNA。样本类型(如肿瘤样本或非肿瘤样本)、样本采集过程、储存和处理的方法对于产量都会产生影响。
7 扩增子通常会覆盖基因所有的外显子区域吗,还是仅覆盖需要研究的热点区域?
两种情况都可以。多数panel覆盖靶基因的所有外显子区域,而human tumor actionable mutation panel仅覆盖需要研究的相关热点区域。
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