研究背景
空间宏转录组技术可在同一组织切片中同步解析宿主、细菌和真菌的RNA，并完整保留各转录本的空间位置信息。正式建库测序前，需评估组织透明化效果、RNA有效捕获率，以及cDNA信号对组织空间轮廓的保留能力。 

研究团队通过InnoScan 910微阵列生物芯片扫描分析仪，选用14 μm厚的拟南芥叶片切片，对Cy3标记的cDNA荧光印迹进行成像、信号采集和分析，完成实验条件优化及建库前质控。
 
作者单位：瑞典皇家理工学院、德国马克斯·普朗克生物学研究所等
期刊：Nature Biotechnology
发表年份：2024年
研究样品：拟南芥叶片组织切片
扫描设备：InnoScan 910微阵列生物芯片扫描分析仪  
将拟南芥叶片切片置于空间捕获芯片上，经甲醇固定、甲苯胺蓝染色、胃蛋白酶通透后，Cy3 标记 dCTP ，对捕获的mRNA逆转录生成荧光 cDNA。剥离芯片上的组织后，通过InnoScan 910扫描、Mapix软件分析cDNA荧光印迹。将荧光轮廓与叶片形态进行比对，判断透化效果和RNA捕获能力；确认合格后，进行建库和测序。

如图1所示，Cy3标记cDNA荧光印迹与甲苯胺蓝染色后的叶片轮廓基本吻合，荧光图像中可清晰识别主叶脉位置，cDNA信号保留了组织原有的空间分布。建库前查看扫描图像，可评估荧光信号的组织覆盖率和空间轮廓完整度。
本研究中，InnoScan 910微阵列生物芯片扫描分析仪用于空间宏转录组建库前的cDNA荧光扫描。通过对Cy3标记的cDNA荧光印迹成像，并与组织形态比对，评估组织透化效果和RNA捕获率。空间转录组实验流程长、建库测序成本高，该质控环节可提前剔除信号不足或空间轮廓异常的样品，确保下游实验的成功率。
 
原文链接：https://doi.org/10.1038/s41587-023-01979-2  
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应用方向：
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蛋白质组学：蛋白、抗体芯片对蛋白表达水平检测、功能蛋白筛选、蛋白质互作研究等
糖组学：糖芯片、糖蛋白芯片进行糖功能学、糖蛋白、植物凝集素等研究
化合物：小分子化合物芯片进行配体筛选、药物研发、疾病靶点筛选
细胞组织芯片：细胞代谢机制、 信号传导机制；组织间蛋白表达差异等
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