实验动物中心是基础医学研究的技术平台之一。拥有约600平方米的清洁级和SPF级标准实验动物饲养室，可提供鸡、家兔、大小鼠实验，和三级实验室供免疫缺陷动物饲养及手术操作。其中SPF级动物饲养室约400平方米。实验动物中心由教授2人、实习研究员1人、博士研究生1人、硕士研究生3人、主管技师1人、技师2人组成。
中心已建立了SPF级动物行为学平台，已可承担有关脑缺血及再灌注、神经药理、毒理、精神疾病、药物依赖及戒断、运动医学、线粒体损伤动物行为学评价等方面课题中的行为学实验。实验仪器包括：大小鼠Y迷宫、辐射迷宫、水迷宫、跳台试验、自发活动仪、明暗穿梭箱、抓力测试仪、大小鼠通用型转棒仪和活体化学法光荧光成像系统等。2008年将开始进行实验动物中心的改扩建项目，SPF级动物饲养室将扩大到800多平方米，同时建立转基因模式动物平台、代谢平台和小动物影像分析平台，将购进高分辨率小动物超声显微影像系统、动物用正电子发射计算机断层扫描仪（PET-CT）、全自动血液、生化分析仪等设备，从硬件和软件两方面进一步完善动物实验技术平台，建成一个有特点的实验动物设施，建设一支有研究能力和技术水平的队伍，为打造一个具有一流水平的基础医学研究所提供优质的技术服务。
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