高通量凝集素芯片
凝集素(Lectin)是一类自然界广泛存在的蛋白质,具有特定糖结构识别的特性。糖蛋白和糖脂上发生的糖基化修饰,在细胞分化、病原微生物侵袭,以及肿瘤的发生、发展和迁移等生物现象中扮演着重要的角色。利用凝集素进行特定糖结构的解析是糖生物学研究领域的常用手段。本芯片将可商业获得的多种经典凝集素,以微阵列的形式固定在高分子三维芯片片基上,形成高通量凝集素芯片,可进行多种糖结构的同步筛选和交叉验证。该芯片的诞生为专注于分析细胞表面糖基化及蛋白质糖基化研究的科学家提供了有力的工具。 |
Sharon N,et al.Glycobiology. 2004 |
凝集素芯片列表 |
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凝集素芯片应用 |
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1. 特定蛋白表面糖谱构建及差异检测;
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凝集素芯片实测结果(以70种凝集素为例) |
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凝集素芯片应用案例 |
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糖蛋白研究一体化方案:
第1步:明确研究目的 社区获得性肺炎(community acquired pneumonia, CAP)是儿童(尤其是婴幼儿)常见感染性疾病,也是5岁以下儿童死亡的首位病因。CAP常见病原体包括细菌、病毒、支原体、衣原体等。但不同病原体感染的婴幼儿早期症状无明显差别,传统的诊断方法存在不足,难以实现早期及时有效的诊断,因而临床上以经验性的广谱抗生素治疗为主,导致耐药以及部分患儿未及时针对性用药而延误病情的风险增加。因此临床上儿童肺炎尚缺乏有效的早期鉴别诊断标志物。 由于蛋白糖基化修饰的广泛性,无论病理条件下特定蛋白本身数量发生变化,还是糖基转移酶调控的修饰程度、类型发生变化,都可能导致样品中糖链“标签”的差异累积并呈现在整体水平上。而凝集素就是一种可以识别这类“标签”的工具蛋白,制备成蛋白芯片后大大提高了可以同时检测的“标签”通量(详见后文介绍),因此研究人员从蛋白糖基化筛选入手,应用凝集素芯片对正常儿童(NC)、支原体肺炎患儿(M)和细菌性肺炎患儿(B)的血清糖基化谱进行筛选。芯片结果显示,有4个凝集素(CALSEPA、MIA、PAA 、SNA-I)在不同组间有明显的差异结合信号,在总体水平上反映出不同血清样品中特定蛋白糖链的丰度差异。
为了进一步明确是哪个蛋白的表达量发生了上调,研究人员以凝集素SNA-I为钓饵,进行了pull down实验。血清pull down产物(P-M3)经电泳分离后,对42 kDa分子量附近的蛋白条带进行了质谱鉴定。结果显示,高同源性蛋白HP和HPR的鉴定分值Z高。随后通过western blot验证,发现HPR在支原体肺炎组(M组)中表达量明显上调,如图3。
第5步:HPR标志物评判 最后,研究人员应用western blot技术对更多例数的血清样品进行检测。结果显示:肺炎组的HPR水平要高于健康对照组(p<0.001),并且与细菌性肺炎组相比,HPR表达水平在非细菌性肺炎组(支原体肺炎组和病毒性肺炎组)更高(p<0.05),如图4。表明HPR可以作为潜在的儿童肺炎诊断指标,并且具有针对儿童细菌性肺炎与非细菌性肺炎的鉴别诊断的潜力。
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凝集素芯片文献 |
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1. Yang L, et al. Lectin Microarray Combined with Mass Spectrometry Identifies Haptoglobin-Related Protein (HPR) as a Potential Serologic Biomarker for Separating Nonbacterial Pneumonia from Bacterial Pneumonia in Childhood. Proteomics Clin Appl. 2018: e1800030. (上海儿童医学中心) |
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