变性高效液相色谱
一、背景介绍
变性高效液相色谱(Denaturing High Performance Liquid Chromatography,DHPLC)是一种新的高通量筛选DNA序列变异的技术,其原理是利用离子对反向高效液相色谱原理,通过一个DNA分离柱,进行核苷酸片段的分离和分析。该方法具有自动化、快速、检出率高、检测DNA片段大小范围广等优点。
二、操作方式及适用范围
DHPLC能以三种方式操作,不同的操作方式采用的原理不同,其适用的范围也不同。
1、不变性温度条件下(50℃),色谱仪类似凝胶电泳仪,可分离分子量不同的双链DNA分子或分析具有长度多态性的片段,类似RFLP分析,也可进行定量RT-PCR及微卫星不稳定性测定(MSI)。
2、在充分变性温度条件下(80℃),单链DNA或RNA分子能被区分,适用于寡核苷酸探针合成纯度分析和质量控制。
3、在部分变性的温度条件下,变异型和野生型的PCR产物经过变性复性过程,不仅分别形成同源双链,同时也错配形成异源双链,根据柱子保留时间的不同将同源双链和异源双链分离,从而识别变异型。根据这一原理,可进行基因突变检测、单核苷酸多态性分析(SNPs)和短片段串联重复序列分析(STRs)。
三、以基因突变检测为例,简述使用步骤及注意事项
1、DNA的分离和提取:DNA可以是组织或外周血来源,一个PCR反应需50ng DNA。
2、引物的选择和设计:进行基因突变检测和SNP分析时,PCR括增的片段不要太长,最适长度为150-450bp 。
3、PCR扩增:PCR产物纯度要高,不能有非特异条带,PCR产物不需纯化,直接进行分析,使用的DNA聚合酶尽量用高保真聚合酶,反应体系中不能含有BSA、DMSO等大分子物质(上述步骤在本科室完成)。
4、 HPLC系统进行检测。
5、测序验证:选择不同类型的峰型进行测序验证。
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深圳市宝安区桃花源科技创新园11号研发中心
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