基于TCGA数据库的整合分析
一 介绍
目前最大的癌症基因信息的数据库Cancer Genome Atlas（TCGA）和International CancerConsortium(ICGC)收集了43种癌症，131019个样本，mRNA/microRNA 表达谱，拷贝数变异，突变等大规模数据。围绕TCGA数据库已经有很多重量级文章出现，而且对它的应用必然愈发重要。针对公司的业务需求，开发充分利用TCGA数据库中的资源的分析流程。目前许多研究整合不同层面的数据挖掘疾病中出现异常的调节机制。
研究策略 :
本研究方案首先应用The cBioPortal for cancer genomics(http://cbioportal.org)的可视化，分析和下载等强大的功能和R软件的包(“cgdsr”)从TCGA 数据库下载数据，然后应用R软件DE1(“CNAmet”)包整合基因表达谱，基因拷贝数和甲基化的数据挖掘疾病中异常表达的基因的调节机制。
二 分析流程
三 应用:
1 ： 挖掘疾病状态下基因异常表达的调节机制
胶质瘤中EGFR甲基化和copy number差异的样本的基因表达出出现差异。
四 参考文献
1 Riku Louhimo and Sampsa，CNAmet: an R package for integrating copynumber, methylation and expression data bioinformatics 2011
2: Fang-Han Hsu1, Erchin Serpedin et al,Reducing confounding andsuppression effects in TCGA data: an integrated analysis of chemotherapyresponse in ovarian cancer BMC Genomics 2012
3:integrative analysis of complex cancer genomics and clinical ProfilesUsing the cBioPortal Science Protocol (4) 2013
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