扩增子组测序

扩增子组测序是一种通过捕获目标特定片段的变异检测，包括SNP、InDel等突变，可以对大样本进行标记开发及结果验证，

方案设计
1.样品选择 2.DNA提取（m≥2.0μg）3.文库构建（小片段文库)4.PE150测序（≥100X）5.生物信息分析

生物信息分析

1.基因组DNA 2.PCR扩增3.建库测序4.结果分析：基因分型、靶向基因的检测、 个性化分析（

关联分析、连锁分析、功能注释）
 

植物案例分析

可变性剪接，又称为选择性剪接，是指mRNA前体通过不同的剪接方式将内含子切除，把不同的外显子连接在一起从而产生多种成熟mRNA剪接异构体的过程。研究为了解析可变剪接对表型变异作出的贡献，以368份玉米自交系的未成熟籽粒为材料，利用转录组数据分析了玉米全基因组的可变剪接情况，并利用全基因组关联分析的方法进行可变剪接数量性状位点（sQTL）的定位，对6570个基因检测了19,554个独特的sQTLs，受sQTL影响的mRNA剪接异构体具有独特的蛋白功能，同时证明了无意义介导的mRNA衰减，microRNA介导的调控，以及小干扰肽介导的多肽干扰经常参与到sQTL调控过程中。研究也发现玉米基因组中超过50%的基因存在可变性剪接。该研究揭示了可变性剪接在丰富基因功能和调节表型变异中的重要性。
 

1、368份自交系，未成熟籽粒

2、 RNA-seq 转录本组装，发现48,855个新的转录本计算每一份自交系中剪接率

3、与125万个SNP位点进行GWAS分析

4、含sQTL的基因、sQTL控制的基因功能注释及功能调控机制
5、sQTL与表型的关系
 

应用文献

◎Chen Q, Han Y, Liu H,et al. Genome-Wide Association Analyses Reveal the Importance of Alternative Splicing inDiversifying Gene Function and Regulating Phenotypic Variation in Maize.Plant cell. 2018.

动物案例分析

猪圆环病毒2 (PCV2)是一种环状的单链DNA病毒，它能够诱发PCV2相关疾病(PCVAD)。为了研究宿主基因在PCV2病毒血症及免疫反应中的作用，以974个感染PCV2的病猪为研究材料，利用Porcine SNP60 BeadArray进行基因型检测，利用全基因组关联分析寻找影响PCV2感染遗传效应的位点。研究发现了两个主效QTL分别位于7号染色体（SSC7）与12号染色体（SSC12）上，能够解释64%的总病毒载量变异率，对SSC12进行解析，发现在该位点的基因SYNGR2上具有一个非同义突变，对其进行体外RNAi及CRISPR-Cas9验证，发现该位点的改变能够改变病毒载量。
 

1、14个遗传品系共974只病猪

2、Illuminat Porcine SNP60 BeadArray；人工接种病毒

3、56,557 SNPs 分型、分期检测免疫反应

4、GWAS分析

5、SSC12基因注释，RNA-seq

6、CRISPR-cas9功能验证

应用文献

◎Chen Q, Han Y, Liu H,et al. Genome-Wide Association Analyses Reveal the Importance of Alternative Splicing inDiversifying Gene Function and Regulating Phenotypic Variation in Maize.Plant cell. 2018.