分子生物学试剂

10x Visium FFPE空间转录组试剂盒

基本信息
产品名称:
10x Visium FFPE空间转录组试剂盒
英文名称:
Visium FFPE Gene Expression Kit, 16 rxns
国产/进口:
进口
产地/品牌:
10x Genomics
型号:
1000336
参考报价:
请咨询 010-84409661
总点击数:
1642
更新日期:
2025-06-03
产品类别:

性能参数
双重力量:基因表达的检测和定位
Visium空间基因表达将全转录组分析融入到带有形态背景的完整组织切片上。通过将这两种互补方法合二为一,提供了一个前所未有的组织生物学视角
不仅仅是一张组织切片
利用新的空间条形码技术和poly A捕获开展文库制备,对玻片上复杂的组织样本进行空间基因表达定位。
Visium空间基因表达玻片的核心是带有空间条形码、与mRNA结合的寡核苷酸。如需捕获新鲜冷冻组织的基因表达信息,先处理样品切片从组织中释放出mRNA,使其与组织相应位置附近的捕获寡核苷酸相结合。在组织原位进行逆转录,生成带有空间条形码并保留空间信息的cDNA文库。如需捕获福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织的基因表达信息,先对组织进行透化处理,使其释放出连接的探针对,与玻片上的捕获探针相结合。延伸探针对,以生成带有空间条形码并保留空间信息的文库。
带有条形码的文库可映射回捕获区的特定数据点。随后将这种基因表达数据与组织切片的高分辨率显微镜图像相叠加,从而能够以空间分辨的方式观察组织形态背景下任一条mRNA或多条mRNA组合的表达。
 
Visium空间基因表达玻片的组成
 
流程高效:使用标准的实验室方法
Visium空间基因表达流程将空间转录组学技术轻松融入标准的组织切片和染色方法中
样本制备
对新鲜冷冻组织或FFPE组织进行包埋和切片,并将其放置在基因表达玻片上的捕获区内。
组织染色和成像
利用标准的固定和染色技术,包括苏木精和伊红(H&E)染色,在明场显微镜下观察玻片上的组织切片,或采用免疫荧光(IF)染色,并利用荧光显微镜来检测玻片上组织切片中的蛋白质。
组织透化和文库构建
之后对组织进行透化处理,以释放出细胞中的mRNA(新鲜冷冻组织)或连接的探针对(FFPE组织)。这些mRNA或探针对与数据点上带有空间条形码的寡核苷酸相结合。通过生成cDNA的逆转录反应(新鲜冷冻组织)或延长反应(FFPE组织)引入空间条形码。将带有条形码的分子混合后进行下游处理,制备出立即可测序的文库。
测序
上一步生成的10x条形码文库与Illumina测序仪上的标准短读长NGS测序兼容,能够实现整张组织切片的大规模转录分析。
数据分析和可视化
Space Ranger分析软件可处理您的空间基因表达数据,而Loupe Browser可视化软件可帮助您交互探索实验结果。
 
Visium空间基因表达的流程图
 
 
数据分析:观察基因表达在哪里发生
通过Space Ranger分析软件来处理数据,并通过Loupe Browser可视化软件来实现交互
性地探索结果,进而分析和了解基因与蛋白表达的异质性。
简化的数据分析
Visium空间基因表达产生的数据可帮助您选择感兴趣的基因,并在原始的组织切片上从空间维度显示其表达情况。由于分析的是全转录组,您就不必局限于只查看单个基因,而是能够以任意组合的形式选择任意数量的基因来一起查看和分析。此外,由于捕获了整张切片的基因表达数据,您可以随时重新探索和重复研究切片上的不同区域,以获得更多的见解。Visium流程主要捕获了两种类型的数据:组织图像和测序数据(FASTQ格式)。Space Ranger分析流程使用这两种输入数据,根据相关的空间条形码将Visium流程中捕获到的每个基因转录本分配到组织图像上的空间位置,从而实现Visium测序数据与图像的比对。在处理完数据后,您可以通过Loupe Browser可视化软件来轻松查询空间基因表达数据的不同视图。有了Loupe Browser,您可以查询重要基因,鉴定和调整表簇,并开展差异表达分析。或者,您也可以使用第三方工具来进一步处理数据。

北京怡美通德科技发展有限公司是10x Genomics的官方授权代理商,同时也是10x Genomics 2022年金牌代理商,代理美国10x Genomics公司生产的Chromium单细胞测序建库系列产品、Visium空间转录组系列产品以及Xenium组织空间原位分析系统,提供仪器配套的试剂耗材供货、产品演示实验、产品安装、使用培训以及售前售后技术咨询、生物信息学分析等相关技术服务。如果您想了解更多关于10x Genomics的信息,欢迎联系我们,电话: 010-84409661,Email: marketing@emtd.com.cn。
公司简介

        北京怡美通德科技发展有限公司成立于2003年,专业从事生命科学领域的仪器设备和试剂代理分销以及相关技术服务,多年来通过与多个国际著名生物技术产品制造商的合作建立了完善的营销渠道与服务体系。曾服务过上百家客户,其中包括北京大学、清华大学、中国科学院、中国医学科学院、首都医科大学、北大医学部等科研单位,协和医院、阜外医院等医院,以及科技服务公司、生物技术公司、制药企业等众多企业客户。
       公司目前主要代理的品牌及产品包括:
      1.  美国10x Genomics公司生产的Chromium单细胞测序建库系列产品、Visium空间转录组系列产品以及Xenium组织空间原位分析系统;
      2. 美国PacBio公司生产的Vega 桌面式三代测序系统及相关试剂耗材产品;
      3.  深圳华大智造公司生产的高通量基因测序仪系列产品、自动化文库制备系统、自动化核酸提取系统和自动化分杯处理系统等;
      4.  美国IDT公司生产的高通量测序捕获探针、克隆基因、基因片段及寡核苷酸池等产品。
      同时提供所有代理产品配套的试剂耗材供货、产品演示实验、产品安装、使用培训以及售前售后技术咨询、生物信息学分析等相关技术服务。
      获得详细信息可按下列方式联系我们:
      官网: www.emtd.com.cn
      电话: 010-84409661
      Email:marketing@emtd.com.cn


售后服务
如果实验过程中出现仪器、试剂耗材质量的问题,我公司在核实确认后,负责向10x Genomics、PacBio、华大智造、IDT等代理厂家申请赔付。
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