离子交换填料
离子交换层析
离子交换层析根据化合物的净电荷进行分离。带负电荷或正电荷的官能团共价结合于固相载体基质，分别成为阳离子交换剂和阴离子交换剂。当一个带电荷的分子加入到带有相反电荷的交换剂时，它就会被吸附，同时，带相同电荷的离子和中性分子则被洗脱到层析柱的外水体积里。带电荷分子的结合是可逆的，通常可用盐或 PＨ梯度洗脱吸附的分子。
离子交换层析可以有多种应用，包括分离和纯化生物分子，分离无机离子，试剂和水的去离子化，盐转换以及去除金属离子、溴化乙锭和ＳＤＳ。
两性化合物的分离策略。如果分子在ＰＨ高于其等电点时稳定，可使用阴离子交换树脂。如果分子在ＰＨ低于其等电点时稳定，则使用阳离子交换树脂。
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亲和层析
亲和层析过程中，配体与待分离分子具有特定的亲和力，共价结合于固体之上。样品混合液加入到这些基质形成的层析柱载体时，目标分子（如蛋白、多肽、ＤＮＡ片段等）与固定在基质上的配体结合，而混合液中不具亲和力的组分则析出。通过改变ＰＨ值、浓盐度、使用有机溶剂或加入与配体竞争性结合的分子，则可以将目标分子洗脱下来。
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分子量排阻层析 （又名分子筛层析、凝胶过滤层析）
分子量排阻层析（ＳＥＣ）又称凝胶过滤层析，它根据分子量大小来分离分子。凝胶基质由特定大小孔隙的球形小珠组成不同分子量的分子从孔中排阻通过，发生分离。小分子进入孔内，会延滞它们通过层析柱，而大分子避开孔，洗脱入层析柱外水体积。因此，样品根据分子量大小进行分离，并依照分子量递减顺序洗脱。 依据层析目的和所需的分辨率来选择操作条件和介质。分子量排阻层析中一种常规的方法为基团分离，包括： 脱盐－目标分子洗脱出来，而小分子保留在凝胶孔内。为了获得理想的分离，基质的分子量排阻限度应比目标分子小。 分级分离-一定分子量范围的分子在凝胶基质内分离。使用这种方法时，目标分子应当在凝胶的分级分离范围以内。 分子量排阻层析常规应用包括蛋白分级分离及分子量确定、核酸分离、质粒纯化和多糖分级分离。 层析分辨率取决于颗粒大小，孔径大小、流速、层析柱尺寸和样品体积。通常，低流速（2-10cm/hr）、细长柱、小颗粒凝胶、小样品体积（总床体积的1-5%）、2倍的分子量差异以及相同的溶液粘度，可以获得最高分辨率。如果用于脱盐，様品体积则可达总床体积的30-40%，并可使用短粗柱。
美国GE（原安玛西亚）层析填料（常用型号） 凝胶过滤填料：
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疏水作用层析
疏水作用层析（HIC）根据化合物的疏水性进行分离；带有疏水和亲水基团的样品分子在高盐缓冲液中加入到HIC层析柱，缓冲液中的盐降低了样品的溶解度。由于总溶解度下降，裸露在外的疏水基团就被介质吸附。化合物的疏水性越强，需要加入用来提高结合力的盐就越少。通常依照疏水性的递增次序，用递减盐梯度来洗脱层析柱内的样品，也可以在洗脱中加入温和的有机调节物或洗涤剂来完成。
美国GE（原安玛西亚）层析填料（常用型号） 疏水层析填料：
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