MBioSEQ™ Ridom 微生物基因组学分析软件
--前称Ridom SeqSphere--
是一款可以用于菌株鉴定、克隆与质粒传播实时监测及耐药性特征分析的微生物基因组学分析软件。兼具MLST的卓越可比性与PFGE的超强分辨力。
MBioSEQ™ Ridom Typer 分析功能：
DNA序列分析模块
支持导入及分析多种 NGS 测序平台数据和 Sanger DNA 序列数据。
使用整合的Velvet、SKESA、SPAdes、Flye或Raven（后者需结合Medaka v2及我们专有的ONT-cgMLST-Polisher）和 BWA 算法组装原始 reads（FASTQ）。读取并分析拼接文件（ACE、BAM、FASTA）。通过 Mash Screen 检查种间污染。
自动化序列分析流程
定义自动分析流程脚本，批量自动化进行质控、导入、拼接和分型数百个 NGS 数据，如当测序仪生成数据后可立即从测序仪获取原始 reads 数据并自动启动分析流程。
细菌表征
通过 Mash Distance 和 FastANI 鉴定细菌种类。使用定义的数据质控参数自动进行细菌分型，实现基于核心基因组和/或附属基因组水平的 WGS 数据的等位基因和 SNP 分析。可选用公共分型方案或使用内置的 cgMLST Target Definer 自定义基因组分型方案。使用 NCBI AMRFinder 预测抗菌药物耐药性（AMR）。支持沙门氏菌、大肠杆菌和单核细胞增生李斯特菌的基因血清分型分析。通过 MOB-suite 和 MobileElement-Finder 进行质粒重建与表征。
数据库
从数据库中存储的实验、流行病学和 DNA 序列数据中存储、搜索、检索、导出和创建报告。 数据字段符合 EBI European Nucleotide Archive (ENA) 的meta数据要求。 将新的序列条目与存储的数据进行比较。 自动获取可能的暴发提示。 管理和备份所有数据（序列和表型数据）。 从 NCBI下载完整基因组或者基因组草图或SRA reads。只需单击一下即可将原始reads和表型数据提交到 EBI ENA。
分析工具
在内置 GIS、epi-curve 和系统发育树（支持最小生成树算法等）功能的比较表中可视化地点、时间、“人”和型别等维度。所有维度视图都是相互链接的，并且可以导出可发表格式（SVG 和 EMF）的图表。 将树的着色、拓扑结构和选择的样本存储在比较表快照中。 搜索特定组的 SNP，例如，设计暴发菌株特异性 PCR 筛选试验。
用户友好型
图形化用户界面设计，无需脚本或生物信息学专业技能即可处理 NGS 数据。
流行病学数据与 DNA 序列数据存储于一体化数据库中，可自动触发克隆及质粒传播警报。
高度自动化流程
下载预定义的分型方案，或基于参考基因组及等位基因库快速创建自定义方案。搭建分析流程后，可自动完成数百份样本的分析，无需人为干预。
下载在线分型方案
与他人共享分型方案，使用 cgMLST.org 全球公共命名服务，该服务确保从 WGS 数据推导出分子分型的通用命名。
Ridom SeqSphere+ 微生物NGS分析应用
cgMLST和cgSNP分析
NCBI AMRFinderPlus耐药基因分析
质粒介导耐药性的早期预警（EWA）
沙门氏菌、大肠杆菌和单增李斯特菌基因组血清分型
金黄色葡萄球菌spa分型
De novo 组装 (SKESA, Velvet, [SPAdes]) 及mapping (BWA)
四维度（地点、时间、人物、型别）互联可视化呈现数据
组特异性的SNPs用于开发特异性的筛选试验
从NCBI 下载细菌基因组和 SRA FASTQ及 Meta 数据
EBI ENA 细菌 FASTQ 数据和 Meta 数据上传
新冠病毒 SARS-COV2 数据分析
Ridom软件试用
MBioSEQ Ridom Typer软件（即Ridom SeqSphere软件）提供有限的免费试用名额，欢迎联系上海一贝科技咨询和申请。
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经过多年快速发展，一贝科技目前为美国Thermo Fisher赛默飞 & Life Technologies上海区域代理商，比利时Applied Maths公司中国地区授权经销及支持服务提供商，德国eppendorf艾本德公司上海区域代理商，德国Memmert美墨尔特上海区域代理商，天美集团上海区域代理，青岛澳柯玛冰箱上海区域代理商，美国Sensatronics公司全国独家代理商，计量测试研究院的战略合作方，以及业界众多主流仪器、试剂、耗材、软件、服务的第三方合作方。目前，一贝科技已为众多一流生物制药公司、政府机构、研究所、高校、医疗机构提供了全面的解决方案，并与客户开展广泛而深入的合作，已成为客户信赖的合作伙伴。
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