Ridom SeqSphere+
Ridom SeqSphere+ 特征：
DNA序列分析工具
使用集成的 SKESA、Velvet、SPAdes 和 BWA 算法组装原始reads (FASTQ)。 读取和分析拼接文件（ACE、BAM、FASTA）。 使用 Mash Screen 进行污染检查。 编辑和分析 NGS 和Sanger DNA 序列数据。
序列自动分析流程
根据测序质量修剪数据、拼接组装、分析和分型数百个 NGS 数据。
细菌表征
使用用户定义的 QC 参数自动进行细菌分型。基于WGS 数据在核心基因组（core genome）和/或附属基因组（accessory genome）水平查找等位基因和 SNP。使用公共分型方案进行基因分型或使用软件集成的cgMLST Target Definer进行自定义分型。 使用 NCBI AMRFinder 进行耐药性预测，使用VFDB数据库进行毒力分析。
数据库
从数据库中存储的实验、流行病学和 DNA 序列数据中存储、搜索、检索、导出和创建报告。 数据字段符合 EBI European Nucleotide Archive (ENA) 的meta数据要求。 将新的序列条目与存储的数据进行比较。 自动获取可能的暴发提示。 管理和备份所有数据（序列和表型数据）。 从 NCBI下载完整基因组或者基因组草图或SRA reads。只需单击一下即可将原始reads和表型数据提交到 EBI ENA。
分析工具
在内置 GIS、epi-curve 和系统发育树（支持最小生成树算法等）功能的比较表中可视化地点、时间、“人”和型别等维度。所有维度视图都是相互链接的，并且可以导出可发表格式（SVG 和 EMF）的图表。 将树的着色、拓扑结构和选择的样本存储在比较表快照中。 搜索特定组的 SNP，例如，设计暴发菌株特异性 PCR 筛选试验。
用户友好型
无需脚本或者复杂生物信息学技能即可运行数据分析。
高度自动化流程
下载预定义的分型方案，或基于参考基因组/等位基因库简单快速地自建方案。 设置组装和分析流程以分析数百个样品，无需更进一步的用户干预。
下载在线分型方案
与他人共享分型方案
可扩展的全球公开可用的cgMLST.org 等位基因命名服务器
Ridom SeqSphere+ 微生物NGS分析应用
cgMLST和cgSNP分析
NCBI AMRFinderPlus耐药基因分析
质粒介导耐药性的早期预警（EWA）
VFDB毒力因子分析
大肠杆菌和单增李斯特菌基因组血清分型
金黄色葡萄球菌spa分型
De novo 组装 (SKESA, Velvet, [SPAdes]) 及mapping (BWA)
四维度（地点、时间、人物、型别）互联可视化呈现数据
组特异性的SNPs用于开发特异性的筛选试验
从NCBI 下载细菌基因组和 SRA FASTQ及 Meta 数据
EBI ENA 细菌 FASTQ 数据和 Meta 数据上传
新冠病毒SARS-COV2数据分析
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