组织空间原位分析—甄选的内容,精准的位置
概述
Xenium是一个由10x Genomics提供的端对端完整解决方案,可以帮助用户实现亚细胞分辨率的靶向基因和蛋白表达原位分析。该平台包含Xenium分析仪、试剂耗材和分析软件;
Xenium分析仪将单分子RNA和蛋白检测的功能与强大的光学元件、数据采集和解码技术相结合,能够以亚细胞分辨率在整张切片上快速检测大量靶点的组织原位表达水平。
该平台可以兼容多种样品类型,包含新鲜冷冻(FF)组织和福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织。
平台概览
Xenium平台可帮助科学家展示、定量和分析固定在Xenium载玻片上的FF和FFPE组织切片中的基因表达和蛋白丰度。
主要应用场景
使用Xenium平台,研究人员能够通过亚细胞分辨率的多重RNA和蛋白质表达检测加深对健康和病变组织的了解。
Xenium平台的前身技术主要应用在以下方面:
- 绘制阿尔茨海默病的细胞类型图谱(1)
- 根据多种细胞类型的多个标志物基因对组织切片进行空间原位解析(2,3)
- 对复杂发育过程及背后的细胞转录状态进行时空组学原位解析(4)
- 对单细胞测序数据进行组织切片原位验证,原位分析结果可以加深对组织亚结构分子基础的进一步了解(5)
以上文献中的数据仅代表原位技术的一般应用,不代表10x Genomics Xenium平台的灵敏度和分辨率。
使用Xenium平台开展原位分析研究的理由
Xenium平台具有许多技术优势,已成为以亚细胞分辨率分析多重空间基因表达和蛋白表达的理想产品。该平台的核心是全自动和高通量的Xenium分析仪,可以自动进行探针标记、成像和机载数据分析等全流程功能。
- 强大而灵活的核心平台—Xenium是一个强大而灵活的核心平台,适用于各种组织、样本类型和应用。此外,该平台的设计理念是未来可不断增添新功能,包括额外的组织特异性和疾病特异性的基因组合,同一切片上 RNA和蛋白质的同时检测,以及同时检测1000种分析物的多重分析能力。
- 起始样本的灵活性—Xenium技术流程可以兼容新鲜冷冻组织(FF)和福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPE)样品。
- 多重分析和亚细胞分辨率—Xenium平台能够以亚细胞分辨率检测多达400个RNA转录本(初上市时),并有望在未来实现多达1000个分析物的同时检测。
- 具有定制功能的人工审核基因组合—Xenium平台可使用商业试剂的基因组合,这些基因组合是经过大量数据挖掘甄选后构建的,综合了全面的单细胞图谱研究结果以及各个研究领域专家的人工审核和宝贵建议。Xenium基因组合能够增加定制基因集合,这些基因组合在交付后可立即用于Xenium分析。此外,10x Genomics还致力于不断拓展商业试剂供应的Xenium基因组合菜单种类,逐步会包含更多的组织和应用类型。
- 轻松易用的流程—Xenium平台是一个轻松易用的完整解决方案,包含制备样本所需的试剂和Xenium分析仪上配合图像采集需要的试剂,以及用于后续数据分析、可视化和数据解读的10x Genomics软件。
- 超大通量—Xenium分析仪可在成像区域内开展超高重靶点组织全景分析。每块Xenium载玻片上有一个大的可成像区域(12 x 24mm),单次运行可同时加载和分析两张切片。
- 全面的数据分析解决方案—10x Genomics提供数据分析流程用于数据分析和再分析,并提供先进的软件用于数据可视化分析。
- 细胞类型分配—10x Genomics软件将每个检测到的转录本或蛋白质分配给单个细胞,让科学家能够根据他们选择的基因组合对细胞类型进行分子水平注释。
- 产品质量认证—Xenium的开发和制作流程已通过ISO9001-2015认证。