PEAKS® GlycanFinder 结构分辨的糖蛋白组和糖组学深度分析软件

PEAKS
® GlycanFinder是一款具有糖结构分辨的,用于深入分析基于LC-MS/MS数据的糖蛋白质组学和糖组学的综合性软件。我们很高兴于今天发布PEAKS
® GlycanFinder 2.5新版本。
GlycanFinder功能亮点
- 整合糖蛋白组和糖组学的解决方案-完整糖肽和游离糖的定性定量。New!
- 具备结构分辨的N糖谱和O糖谱深度表征-优化的糖组学和糖蛋白组的可信糖结构分析。New!
- 糖基化位点全面剖析-通过多酶联合酶解实现糖基化位点的全景表征。
- 准确而灵活的发现和靶向定量方法-支持非标记和标记完整糖肽定量,新版本增加PRM靶向定量方法。New!
- 糖的从头测序-发现新的糖。
- 仪器商中立-支持Orbitrap, timsTOF和zenoTOF数据
- 交互式可视化和报告导出-优化的图形用户界面(GUI),方便用户实现一系列验证、数据查看和导出结果的需求。
糖蛋白组的完整糖肽定性与定量
对于糖蛋白质组,PEAKS® GlycanFinder提供两个工作流来对N糖和O糖基化肽段进行定性和定量分析。Glycan Site Profiling工作流用于分析糖基化位点,结果可汇总展示多酶切质谱数据各自鉴定到的肽段。Glycan Sample Profiling工作流用于糖蛋白、糖肽和非糖肽水平的非标记和标记定量分析。
图1 完整糖肽分析工作流
01深入了解糖的异质性-糖链结构和糖基化位点剖析
为了确保糖蛋白组的更深入覆盖,Glycan Site Profiling工作流提供了位点异质性的详细视图,揭示了每个糖基化位点上不同糖型的分布和丰度。通过PEAKS特有的整合多个酶切样本的质谱数据,全面揭示每个糖基化位点的糖谱,提升可信度。
图2. 完整蛋白覆盖视图和糖型比例分布图
此外,PEAKS® GlycanFinder使用Charge Lookup策略提升糖肽定量分析的重现性,即使有些Feature存在MS2谱图缺失,也能确保所有检测到的糖肽Feature参与计算。

图3. Charge Lookup
02 糖肽和糖蛋白定量
Glycan Sample Profiling工作流可以进行完整糖肽和糖蛋白的可靠鉴定和定量,支持非标记和报告离子定量方法。
>非标记定量(LFQ):基于不同样本中肽段特征峰的相对丰度进行定量,并通过Match Between Runs对不同样本中同一肽段的特征峰进行匹配。
图4. Feature view of LFQ
>报告离子定量(RIQ):基于不同标签产生的报告离子信号强度实现相对定量,支持商业化试剂iTRAQ/TMT或用户自定义标签。
图5. 报告离子定量的糖肽视图
New 基于LC-MS/MS的糖组定性与定量
通过PEAKS
® GlycanFinder新增的Released Glycan Sample Profiling工作流,用户可轻松实现糖组学的分析。软件内置一些常见聚糖的修饰,也支持用户自定义,并可以进行游离糖的报告离子定量分析。
01 为糖蛋白组研究扩充糖组学数据
PEAKS® GlycanFinder支持糖基修饰和加合离子分析,以及交叉环(crossing ring)注释,因此使得糖谱注释和鉴定更加准确。
图6. 含Na加合物的游离糖鉴定
图7.带有修饰的糖链鉴定
02 游离糖的报告离子定量
报告离子定量使得游离糖的定量更加准确,提升了糖定量的灵敏性和重现性,为不同样本间糖的组成和含量变化研究提供更加可靠的数据支持。
图7. Released Glycan的RIQ结果
New PRM靶向定量分析
PEAKS GlycanFinder 2.5的PRM 工作流可实现糖肽的靶向定量分析,根据用户自定义的transition list,提供目标糖肽的定量结果和MS2谱图注释。
图8. 糖肽靶向定量结果
New Glycan Network-破译功能性糖基的关联
Glycan Network展示了各种糖型之间的关联,每条边连接的两个糖之间仅有一个糖单元组成不同,因此可将具有共同核心结构的、末端不同的糖全面可视化。以下图形表明存在两个糖合成和加工的路径[1]。
图9.聚糖网络图
GlycanFinder特有功能
糖肽上的相关聚糖被赋予s-score(%),这表明在聚糖数据库中匹配的聚糖结构的置信度。
图10. 镜像图展示排名前二的聚糖候选
当糖肽谱无法与数据库匹配时,PEAKS® GlycanFinder将执行N-聚糖的从头测序。这可以帮助用户找到数据库中没有考虑到的其他聚糖结构。
PEAKS® GlycanFinder是一款具有糖结构分辨率的,用于深入分析的糖蛋白质组学和糖组学的综合性软件。PEAKS® GlycanFinder 2.5整合了完整糖肽和游离糖的分析方法,从LC-MS/MS数据中分析糖蛋白,并利用深度学习算法解决糖基化位点和聚糖结构的不确定性问题。PEAKS® GlycanFinder将peptide-based和glycan-based两个策略结合,并整合了聚糖从头测序技术,有助于加强N-link和O-link的定性和定量分析,从而对糖蛋白质组进行高可信度的全面分析。
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