Pippin Prep 全自动核酸电泳和片段回收系统
手工切胶DNA回收一直是一项繁琐且不精确的技术。随着高通量测序的广泛应用,希望DNA片段大小回收能够自动化完成的业界需求越来越强烈。
> 软件设置片段大小范围,仪器准确完成分离纯化
> 回收DNA片段直接应用于高通量测序文库构建
> 每一轮只需3-6 分钟手工操作
> 一次性预制胶槽,杜绝交叉污染
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实验运行中,软件通过实时光路检测并比对DNA ladder,确定要回收的DNA片段到达洗脱泳道(elution channel)的准确时间。通过电极切换,打开洗脱泳道,使目标片段进入洗脱通道的回收室中,从而实现回收。
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> 一站式操作,简易直接
> 3-6分钟的手工时间
> 无复杂前处理过程
> 回收的样本可直接进行PCR扩增,参与下一步实验。
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1.倾斜电泳槽,驱走气泡
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2.将电泳槽放入泳室中
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3.移走密封条
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4.仪器自检
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5.设置回收程序
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6.从每个样品孔移走40ul缓冲液
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7.每个孔依次加入40ul样本及marker
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8.盖上盖子,点击start
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9.实验结束,移走回收片段,进行下一步实验
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Pippin Prep基本上避免了小分子量核酸片段的污染,且有更高的回收效率,提升了PE文库构建质量。
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图A. Pippin Prep与手工切胶的比较(用户数据)
注意左边Y轴读数为右侧的1.5倍
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1.5%和2%预制胶均可用于PE文库构建,根据实际应用的高通量测序平台对回收片段大小的要求来从二者之中进行选择。
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图B. 400bp、600bp、800bp、1000bp片段回收
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3%预制胶能有效的将miRNA 文库和接头二聚体(adapter dimers)以及大分子量的RNA片段区分开并且分离纯化出来。
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图C. 90bp、100bp、120bp、130bp片段回收(gDNA为例)
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在不同片段长度范围内回收DNA片段,输入DNA量和输出DNA量的比较
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逐步扩大片段长度选择范围可以提高回收产量
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ChIP应用一般要求较宽范围(broad type)的片段大小回收。Pippin Prep能够满足实验需求。
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图D. 300-500bp、400-900bp、550-950bp、700-1100bp范围片段回收
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