CLC Genomics workbench
CLC 高通量数据分析平台是度身为高通量测序所产生的庞大数据设计的。CLC bio的科学家们克服了高通量数据分析中的许多核心问题,研发出了最新的SIMD加速拼装算法,大大提高了大规模数据序列拼装的质量和速度:439,000 reads 的E.Coli基因组重测序拼装只需要不到3分钟。8600万 paired end reads的人基因组重测序只需要不到7个小时。
CLC 高通量数据分析平台支持各种测序平台的数据结果,包括Sanger, 454, Illumina Genome Analyzer, Helicos以及 Solid. 无论是从头测序,重测序,还是RNA-Seq或者Chip-Seq, 甚至是多平台混合数据, CLC 高通量数据分析平台都能帮你快速完成高质量的专业数据分析并提供丰富的图表报告。
CLC高通量数据平台为用户设计了美观的可视化界面和简易的操作界面,方便用户查看关于Contig的各类统计学已经图形报告,比如 N75,N50,N25或者平均分布图,大小分布图等。强大的图形显示功能自动为用户清楚的标示出数据中各种重要现象,比如短序列的重叠或者冲突,嵌入或者删除片段,重复或者反向,突变或重排等等。
除了快速高效的高通量数据拼装以外,平台还集成了许多下游分析必备的分析工具。
比如自动SNP, DIP检测以及选择基因组的倍体性。
平台中还集成了转录组模块,用于分析RNA-seq数据。
根据mRNA数据计算基因表达量(RPKM),并与理论基因表达普做对比统计(Kal’s test/Baggerley’s test)。还可以进行mRNA数据与基因组数据比对,方便快捷的识别已有基因以及发现新的基因。
平台内含的表观组模块可以用来分析Chip-Seq数据,根据不同模板将数据中的短序列拼装成contigs, 用于检测数据中重要的peaks(信息区).
主要功能如下
n 从头测序组装
n 重测序组装
n 数字基因表达
n 基因组重排
n Multiplex Sequencing by Name/Tag
n SNP detection/reporting
n 修剪和筛选序列
n RNA-Seq分析
n Chip-Seq分析
源资科技源资信息科技(上海)有限公司于公元2008年5月在上海交通大学产学合作的白猫科技园区内正式成立。
公司以协助国内生命科学发展为宗旨,以创新的理念,为生物研究,制药研发以及临床试验设计和数据分析等各个领域提供连贯整合性平台解决方案。从各种高通量组学数据处理到生物意义挖掘、从系统生物学导向的靶标识别到计算机辅助药物设计、从药物ADME/Tox性质预测到临床PK/PD研究,公司的服务项目不断更新,顺应国内生化研究及新药创制发展的需求,推动了国内生命技术的蓬勃发展。
自成立之日起,公司积极组织参与生命科学领域的各种学术交流活动,并利用公司在全球范围的影响力,以技术培训班,Workshop,网络教程,会议报告等多种方式,开启了一个国内外高新技术交流的窗口;不断将世界范围内更新的理念,更优秀的软件引进中国,并为中国的科研工作者提供最前瞻的知识和最优质的服务。公司成立至今,受到了教育、学术和企业界人士的广泛肯定和赞赏。
在疾病研究方面,为生物研究人员提供国际领先的各种组学数据处理和管理平台以及先进的系统生物学软件平台,帮助研究者方便快捷的发现数据背后蕴含的各种生物机制。
在药物研发方面,针对研发流程中存在的瓶颈问题,首次提出了以系统生物学结合高效计算机辅助药物设计的全新药物研发平台方案,从药靶的发现,验证到先导化合物的虚拟筛选,ADME/Tox性质预测以及系统药理毒理的阐述全面提供药物研发的成功率。
在临床研究方面,推广该领域的国际行业标准研究理论和方法,提供配套解决方案,帮助设计更加高效可行的实验方案,专业安全的数据管理以及完成标准的FDA申报。
公司90% 以上的员工拥有硕士以上学历,为广大客户传播领先的技术思想,提供专业的服务,帮助公司成为生命科学领域的顶级软件平台供应商和咨询服务商。
源资也有针对性的提供一系列相关的课程,比如分子模拟以及药物设计,通过网络培训,或与国内各大专业院校,研究院,生命产业园区合作,定期邀请国内外相关领域的学者进行研讨及学程,帮助学术界及企业界培养更多更好的专业型人才。
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