PEAKS AB--全球第一个抗体全自动化测序软件解决方案
PEAKS AB软件是一个非常强大的基于高精度液相-质谱数据集，全自动对抗体进行de novo 从头测序，并对其翻译后修饰和序列突变分析的软件。PEAKS AB软件同样也支持对研究发现和质量控制为分析目标的翻译后修饰(PTMs)和序列突变的表征。软件能够从质谱原始谱图数据，首先提供肽段de novo测序结果，并将其中可靠的序列标签组装为完整抗体蛋白序列。
功能核心
- 全自动化的抗体从头测序
- 翻译后修饰和氨基酸替换（序列突变）分析及定量
- 抗体生产中的QA/QC
- 支持用户自定义结果报告形式
软件概览
de novo View
PEAKS AB： 提供综合的peptide mapping视图，包括：
1.全序列信息整合视图
2.显示每一个氨基酸来自碎片离子的直接证据
3.翻译后修饰及位点信息（PTMs）
4.氨基酸序列变异（突变确证）
Peptide Mapping View
对于含有修饰位点的每一条序列，在PTM Profiling结果视图中，都列出了它们的修饰形式和未修饰形式，及其相应的色谱图，提供基于XIC的定量信息。
翻译后修饰(PTMs) 分析
序列突变视图对于可能是由互补DNA的转录错误产生的氨基酸变异和/或截短的结果部分予以高亮显示。
序列变异分析视图
在强化的peptide mapping功能中，PEAKS AB软件可以比较、注释不同样品的色谱图。软件中阐明可能发生的序列突变，以便于产品质量控制或任何其他相关的抗体研究。
如下图所示，带有注释的色谱图中蓝色的峰表示信号映射到来自参考蛋白质的肽段，而红色的峰表示序列突变或任意与产品相关的杂质。
肽图
PEAKS AB软件可以利用正交设计的多酶联合酶解的抗体蛋白，通过高分辨率LC-MS/MS获得的数据集，直接对抗体蛋白进行序列分析。该方法首先进行肽段的de novo sequencing ，并将可信度高的序列标签自动组装成抗体序列[1、2]。
报告生成
- 抗体样品描述
- 缩略词说明
- 实验流程
- 抗体轻/重链信息
通过肽谱匹配水平0.1% FDR质控的peptide mapping
可变区典型肽段的选择
区分Ile/Leu
Reference
2. Tran, N.H. et al. Complete De Novo Assembly of Monoclonal Antibody Sequences. Scientific Reports. 6:31730. 26/08/2016.
百蓁生物是一家以AI驱动质谱技术、聚焦精准医疗的生物科技公司，其子公司百蓁生物科技（上海）有限公司，在中国全面负责加拿大Bioinformatics Solutions Inc.旗下PEAKS软件全系列产品商务，销售和技术工作，为中国蛋白质组学和生物药领域，提供世界领先的质谱数据分析软件和蛋白质组学领域相关的整体解决方案，包括：PEAKS Studio、PEAKS Online、PEAKS AB、PEAKS GlycanFinder等。
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