测序/基因分析

Revio高通量基因测序系统

基本信息
产品名称:
Revio高通量基因测序系统
英文名称:
国产/进口:
进口
产地/品牌:
美国/PacBio
型号:
Revio
参考报价:
总点击数:
645
更新日期:
2023-02-24
产品类别:

性能参数
优势
  • HiFi read 通量增加 15 倍
Revio 系统采用每张拥有 2500 万个 ZMW 的高密度SMRT Cell 芯片,能够并行运行最多 4 张 SMRT CELL 芯片,24 小时运行时间,每天可获得 360 Gb 的 HiFi reads,相当于每年能对 1300 个人类全基因组进行测序。
  • 成本低至1,000 美元的完整定相人类基因组
HiFi 测序能通过单次建库与测序运行,提供人类基因组上的小变异、结构变异、重复扩增、甲基化与单倍型定相情况。
  • 所需耗材减少一半,大大简化操作体验
Revio 系统操作简单,得益于试剂板与样本板的整合,支持快速运行设置,测序进行过程中能对运行进行灵活排序,以及无需外部氮气供应。​
  • 机载 Google Health DeepConsensus
Revio 系统上的高级算法可以实现非常高的读取准确率,并在每次运行时实现甲基化检出。优化的文件格式通过质量值结合智能 read 排序减少了数据存储需求。

 HIFI 测序技术大规模应用
您可以用 Revio 系统实现更高通量,支持大型研究并开发新应用。Revio 系统每年可生成 1,300 个基于HiFi的人类全基因组数据,是 Sequel IIe 系统的 15 倍。具体为:
 
  Revio 系统 Sequel IIe 系统 提升倍数
密度更高 2500 万 ZMW 8 万 ZMW
独立芯片操作台 4 1
运行时间更短 24 小时 30 小时 1.25×
      15×

简化的耗材
Revio 系统用的耗材更少,优化后便于追踪且大大减少浪费,从而简化了 HiFi 测序体验。工作流程改进后,花不到一分钟时间就能将耗材加载到仪器上。

Revio 聚合酶试剂盒
聚合酶试剂盒包含多种经过优化的试剂,可将聚合酶结合到 24 SMRTbell 文库中,为测序做准备。

Revio SMRT Cell 托盘
一个托盘包含 4 张高密度 SMRT Cell 芯片,每张都有 2500 万个零模波导孔。

Revio 测序板
测序板提供的试剂可对最多 4 张 Revio SMRT Cell 芯片进行测序,并将 Sequel IIe 系统的测序板、样本板、混合板与 SMRT Cell 油等多个组分集于一体。
 
独家定制的工作流程
Revio 系统所用的耗材与软件灵活方便,能极大简化使用步骤,优化体验。无论是在基因组中心还是小型实验室,您都能体验到:
  • 快速可靠的文库制备
针对 Revio 系统的文库构建支持使用 SMRTbell 制备试剂盒 3.0 进行人工或自动制备。
  • 快速运行设置
测序板与运行设计通过一个 NFC 标签实现自动连接,仅用不到一分钟即可在仪器上完成运行设置。
  • 高度适配您的实验安排
Revio 系统的工作平台独立于四个芯片操作台,因此系统每天加载耗材的时间可长达 20 小时,可确保充分利用各个芯片工作台。
  • 强大的计算能力
Revio 系统内置多个强大的 NVIDIA GPU,提供的计算能力超出 Sequel IIe 系统 20 倍,通过仪器即可直接输出即时可用的准确数据。
  • HiFi read 生成
GPU 可为碱基检出与 HiFi read 生成缩短周转时间,直接以 BAM 格式输出 HiFi reads。
  • Google Health DeepConsensus
DeepConsensus 使用高级深度学习技术进一步提高了 HiFi 测序的准确度与产量。
  • 甲基化检出
标准运行包括 DNA 甲基化状态,使用能处理聚合酶动力学的深度学习算法计算。
  • 拆分
包括条形码拆分在内的所有基本处理步骤均在仪器上完成。
 
 
HIFI 级准确度与数据质量:Revio 系统能实现与Sequel IIe同等或更优质的读长、碱基质量与变异检出性能,使得 HiFi 测序更广为人知。
读长:HiFi reads 有数万个碱基对长,可解析大的变异,将其映射到基因组的难测区域。
Read 质量与碱基质量:Revio 系统准确度非常高,90% 的碱基 ≥Q30,read 准确率中位数 ≥Q30,能提供可靠的答案。
变异检出:Revio 系统的 HiFi 测序能对所有变异类型输出准确度高的结果,媲美 Sequel IIe 系统赢得 precisionFDA 评选的准确度。

REVIO 长读长测序方法对比
  PacBio Revio SBS 测序 纳米孔测序
读长 15-18 kb 2×150 bp 10-100 kb
Read 准确度 99.95% (Q33) 99.92% (Q31) 99.26% (Q21)
运行时间 24 小时 44 小时 72 小时
数据产出 90 Gb 2,400–3,000 Gb 50–110 Gb
变异检出——SNV
变异检出-插入/缺失 X
变异检出——SV X
5mC 甲基化 X
定相 X
 

工作流程
  •  提取:Nanobind DNA 试剂盒可从各种样本类型中提取 HMW gDNA。
  • 文库制备:SMRTbell 制备试剂盒 3.0 支持人工与自动文库制备,能轻松创建 SMRTbell 文库。
  • 测序:Revio 系统能结合自身时间表灵活安排运行时间,因此可连续 24 小时同步运行 4 个 SMRT Cell。
  • 数据分析:Google Health 的高级算法与前沿的 NVIDIA GPU 可实现机载测序数据处理,输出文件大小均有缩小。
 
测序规格
    HiFi 产出2    
文库 运行时间3 1 SMRT Cell 4 SMRT Cells 碱基质量 甲基化
15–18 kb 24 小时 90 Gb 360 Gb 90% ≥Q30 CpG 位点上的 5mC

应用性能
HiFi reads 可满足有不同覆盖率、读长与准确率要求的多种应用。按照典型的产量与覆盖率要求,精选的常用应用性能如下:
  通量  
应用 每个 Revio SMRT Cell 每年4 覆盖率期望值5
人类基因组 1 1,300 30×
单细胞转录组 1 1,300 8,000万 reads
大基因 panel (20 Mb) 12 15,600 90% 目标位点 ≥10×

仪器规格
运行环境
温度 19–25°C (66–77°F)
湿度 20%–80% 相对湿度,无冷凝
通风 16,400 BTU/h (4,800 W)
尺寸
W × D × H 92.7 厘米(36.5 英寸) × 90.2 厘米(35.5 英寸)× 174.5 厘米(68.7 英寸)
重量 449 千克(989 磅)
占地面积 198.1 厘米(78.0 英寸)× 138.5 厘米(54.5 英寸)
电功率
所需电源 200–240 VAC,50-60 Hz,30A
计算
网络连接 1 GbE 或 10 GbE 铜, RJ45 金属连接头
输出文件格式 hifi_reads.bam,每个文件大小 ≈55 Gb,每年高达 72 TB
 
公司简介
Pacific Biosciences of California, Inc。(纳斯达克股票代码:PACB)简称PacBio,是基因组,转录组和表观基因组的高质量测序的领先供应商,推动了生命科学各个领域的新发现。PacBio先进的单分子实时(SMRT)测序技术能够提供高精度,超长读取,均匀覆盖以及直接检测碱基修饰能力。 基于PacBio的测序技术,科学家能够完成基因组的从头组装,全长转录本分析,靶向测序以及在测序的同时检测表观遗传变化。PacBio的Sequel II测序系统(包括测序仪,耗材和软件)为进行SMRT测序提供了简单,快速的工作流程。有关PacBio公司和产品的更多信息,请访问www.pacb.com。

售后服务
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