测序/合成

高通量测序服务——环境微生物群落多样性分析

基本信息
服务名称：
高通量测序服务——环境微生物群落多样性分析
英文名称：
参考报价：
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服务商：
上海美吉生物医药科技有限公司
总点击数：
8588
更新日期：
2015-07-14
服务类别：
测序/合成
服务详情

高通量测序服务——环境微生物群落多样性分析

详细描述：
在环境微生物生态学的发展过程中，有三个进展是至关重要的：一、分子技术在该领域的应用，克服了自然界微生物纯培养的局限，大大扩展了我们在整体上对自然环境微生物的认知范围；二、将宏观生态的思想和方法引入微生物生态研究，极大地提高了我们对微生物多样性的认知水平；三、第二代高通量测序技术（尤其是Roche 454高通量测序技术）的成熟和普及，使我们能够对环境微生物进行深度测序，灵敏地探测出环境微生物群落结构随外界环境的改变而发生的极其微弱的变化，对于我们研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。
 
Roche 454测序技术优势
1. 测序序列长，可以覆盖16S /18S rDNA、ITS等高变区域。
2. 测序通量高，可以检测到环境样品中的痕量微生物。
3. 实验操作简单、结果稳定，可重复性强。
4. 无需进行复杂的文库构建，微生物DNA扩增产物可以直接进行测序，实验周期短。
5. 测序数据便于进行生物信息分析。
 
美吉优势
1. 采用定向测序技术，避免了非定向测序造成的数据冗余，能充分利用每条有效序列，且便于后期的菌群分类处理。
2. 开发了一套稳定的多样本平行测序实验方案，并解决了样本间数据量不平衡的技术难题，一次可实现200个样品的平行测序。
3. 众多的成功案例，使美吉生物在环境微生物群落多样性测序及分析方面处于国内领先地位。
 
多样本平行测序
1. 多个环境样品可以同时进行高通量深度测序。
2. 样品之间的测序数据通过扩增时引入的标签（tag）进行区分。
3. 美吉生物开发出了一套稳定的多样本平行测序实验方案。
4. 美吉生物提供的tag序列均经过Roche和美吉生物的实验检验。
5. 多样本平行测序成功的关键是样品间的测序数据量趋于一致。美吉生物拥有样品间数据量不平衡问题的解决方案。
6. 美吉生物可以帮合作伙伴实现200个样品的平行测序。
 
环境样品测序深度
1. 不同环境样品中微生物的丰富度差别很大，所需的测序深度也不同。
2. 研究目的决定了环境微生物的检测精度，而检测精度决定了测序深度。
3. 美吉生物拥有丰富的成功案例，针对不同的环境样品和研究目的，能为合作伙伴提供合理的测序深度建议。
 
定向测序
1. 美吉生物设计的实验方案可以实现PCR产物的定向测序。
2. 定向测序技术避免了非定向测序造成的数据冗余，充分利用了每条有效测序序列，且便于后期的菌群分类处理。
3. 定向测序能为合作伙伴节省454文库构建的费用。
4. 扩增引物的合成质量是定向测序成败的关键。
 
生物信息分析
1. 数据统计分析
1）有效测序数据统计
2）可供精准分析的数据产量统计
2. 数据回归样品
根据tag信息将测序数据回归各自样品
3. 单样品微生物种类及丰度分析
1）序列聚类OTU（Operational Taxonomic Units）
2）取样深度判定（Rarefaction Curve）

取样深度判定
 

3）计算菌群多样性和丰度指数
4）单样品群落结构分析—饼图

单样品群落结构分析—饼图
 

4. 多样品间比较分析
1）全样品相似度比对——树状图、Heatmap图

全样品相似度比对——树状图、Heatmap图
 

2）多样品OTU比较——Venn图

多样品OTU比较——Venn图
 

3）多样品群落结构分析——柱状图

多样品群落结构分析——柱状图
 

4）PCA（Principal component analysis）分析

PCA（Principal component analysis）分析
 

5）Weighted and unifrac PCA分析

Weighted unifrac PCA分析
 

6）组间显著性差异分析
 
成功案例

美吉生物已成功完成环境微生物群落多样性分析近100例，涉及土壤、水样（海洋、湖泊、鱼塘）、污泥、发酵罐、生物膜、叶子表面、肠道、瘤胃、口腔等多种环境样品。

公司简介

        上海美吉生物医药科技有限公司专注于新一代DNA高通量测序技术的应用和推广、生物信息分析、临床诊断试剂盒研发和转化医学研究，是上海张江高科技园区、张江药谷重点支持企业，华东师范大学战略合作单位。目前，美吉生物在上海、北京、广州三个一线城市建立了实验基地，销售网络遍布全国各地。

        美吉生物拥有世界一流的测序平台，在ABI3730xl常规测序平台的基础上，先后引进了罗氏454高通量测序平台和Illumina高通量测序平台，专业提供动植物基因组测序、微生物基因组测序、宏基因组测序、转录组测序、小RNA测序、基因表达谱分析等技术服务。

        美吉生物拥有一支实力雄厚的技术团队，有从事分子生物学研究十多年、经验丰富的技术骨干，也有创新进取、拼劲十足的希望之星。技术团队经验丰富，曾参与水稻、番茄、家蚕等多项大型基因组学项目，可以为您提供专业、合理、高性价比的实验方案。

        生物信息学是国际前沿的新兴学科，近年来发展迅猛。美吉生物拥有一支具有国际一流水平的生物信息分析团队，不仅可以提供标准流程化的生物信息分析，还可以根据不同的课题需求，提供个性化的深度数据挖掘。

        B2B(Bench to Bedside)的转化医学模式，大大缩短了医学科学从基础研究到临床应用的时间，加速了人类进入基因组医学时代的步伐。基于对未来医学发展趋势的充分理解，美吉生物和国内多家著名三甲医院联合建立了转化医学中心，开展转化医学研究，以迎接基因组医学时代的到来。

        美吉生物秉承“专业、卓越”的企业理念，“以客户为本，让客户满意”的服务宗旨，一如既往地致力于提供高品质、高效率的技术服务，努力将公司打造成为国内一流企业。因为敬业，所以专业；因为专业，所以选择；选择美吉，选择满意！

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