基于SLAF-seq技术的super BSA
基本信息
服务详情
技术应用范围
应用目标：针对较大分离群体能更精细的将筛选到的关联紧密的候选区域在基因组上定位，直接对该区域进行功能基因的精细注释，获得性状相关候选基因。
已有或即将有全基因组参考序列的物种。如玉米、大豆、水稻、甘蓝、白菜、高粱、黄瓜、西瓜、马铃薯、番茄、拟南芥等物种，尤其适用于抗虫、抗病、高产等重要经济性状。
应用目标：针对较大分离群体进行目标性状分子标记开发，更准确的对分子标记与性状的关联性强弱进行排序分析，由此获得的强关联性分子标记为下游的基因精细定位工作打下坚实基础。
目前没有基因组参考序列的物种。如小麦、棉花、油菜、辣椒、鱼类、对虾、花卉、林木、烟草、药用植物等。
研究对象
具有一定规模的临时（如F1、F2分离群体）或永久群体（如重组自交系、近等基因系、双单倍体系、回交近交系等），性状有明显差异的父、母本材料，亲本之间的多态性不低于10%；
性状分离群体，每个群体个体要尽量多，最好不少于20个（单株），材料越多，越有利于清除背景噪音。
对于没有参考基因组的物种，亲本最好构建BAC文库，为下游的强关联标记的定位研究打下基础。为了更精确的进行功能基因的注释最好有表达谱或EST序列。
项目开发方案
根据标记密度和标记测序深度等开发需求的不同，设计了3种方案，详细内容如下表所示。根据不同的研发需求可以定制个性化方案。
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项目资源要求 |
标准解决方案 |
推荐解决方案 |
深入解决方案 | |
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群 体 需 求 |
亲本 |
2 |
2 |
2 |
|
亲本多态性 |
>10% |
>10% |
>10% | |
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群体大小 |
50+50 |
100+100 |
200+200 | |
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适用群体类型 |
临时群体、永久群体和自然群体 | |||
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性状分离 |
需要 |
需要 |
需要 | |
|
区分个体 |
否 |
否 |
否 | |
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测 序 标 准 |
亲本标签测序深度 |
10x |
20x |
20x |
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个体标签平均测序深度 |
1x |
1x |
1x | |
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总体标签测序深度 |
120x |
240x |
440x | |
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标签个数 |
20,000 |
50,000 |
70,000 | |
基于SLAF-seq技术的关联性图谱绘制方案
项目开发时间
整体计划3个月完成多态性标记开发及其与目标性状的关联分析，具体时间规划如下表所示。根据物种的不同开发时间会稍有不同。
基于SLAF-seq技术的关联性图谱绘制开发时间
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技术路线
 A: 亲本SNP和inDel标记开发 B：super BSA快速定位流程 |
公司简介
百迈客生物(BioMarker)成立于2009年5月，是一家高新技术企业，公司基于功能基因组学的BT+IT(高通量基因测序技术、生物信息技术、高性能生物云计算技术)技术，拓展出了高通量测序、生物云平台、质谱检测、智能制造四大业务板块；拥有以博士和硕士为主体的研发、生产团队；公司自成立以来，注重创新发展，科研成果成果层出不穷，先后在《Nature》、《Cell》、《Nature Genetics》、《Advanced Science》、《Nature Communications》等国际著名期刊上发表高质量合作文章近千篇，累计影响因子超过4500分。拥有国家发明专利技术60余项，软件著作权近200项。公司拥有Illumina、PacBio、Nanopore、BioNano、AB SCIEIX QTRAP, Waters Q-TOF等全面的测序平台，满足科研工作者多种科研需求，努力打造基因产业国际一流企业，“为世界创造新的可能！”
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