长链非编码RNA (lncRNA)测序
基本信息
服务名称：
长链非编码RNA (lncRNA)测序
英文名称：
lncRNA-Seq
参考报价：
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服务商：
总点击数：
6211
更新日期：
2015-08-19
服务类别：
服务详情
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是指长度在200~100000 nt之间不具有蛋白编码功能的RNA分子。它们存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式，具有跨物种的低保守性，组织特异性表达和丰度低等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA，保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本，而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能机制主要包括参与转录调控、转录后调控、蛋白质运输和mRNA降解。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点，借助高通量测序，研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。
技术路线
生物信息学分析
样品要求
1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2）样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供2 μg以上的总RNA。
3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
应用案例
Jian-Feng Xiang, Qing-Fei Yin, Tian ChenHumanet al,. Human colorectal cancer-specific CCAT1-LlncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Research, (2014) :1-19.（lncRNA测序工作在晶能生物公司完成）
本研究对人类结肠癌组织和正常黏膜组织进行RNA测序，两种样本分别得到52 M和 59 M reads。通过比较发现，人类结直肠癌组织中的MYC基因上游515 kb处特异性地转录生成一种长链非编码RNA—CCAT1-L。功能研究表明，抑制CCAT1-L会降低MYC基因表达；过表达CCAT1-L，会增强MYC基因表达，并促进肿瘤发生。进一步研究发现，编码这种lncRNA的基因座定位在一个超级增强子中，该lncRNA—CCAT1-L通过调节CTCF与染色质的结合来促进MYC基因增强子与启动子远程染色质环的形成。以上研究结果表明，lncRNA在肿瘤形成的过程中充当了一种重要的调控因子。
研究方法：
1. RNA-seq发现结肠癌组织lncRNA—CCAT1-L。
2. 用northern blot和qRT-PCR在其它病人的结肠癌组织进行验证。
3. ASO knockdown 和过表达研究CCAT1-L功能。
4. ChIP研究CCAT1-L调控染色质成环机制。
结果分析：
1. 结直肠癌组织中的MYC基因上游515 kb位点特异性地生成lncRNA—CCAT1-L
2. 编码CCAT1-L的基因座定位在一个超级增强子中
参考文献
[1] Annalisa Di Ruscio, Alexander K. Ebralidze, TouatiBenoukraf, et al,. DNMT1-interacting RNAs block. Nature, 2013, 573:371-376.
[2] Derrien T, Johnson R, Bussotti G , et al,. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res. 2012 22: 1775-1789.
[3] Jihua Ding, Qing Lu, Yidan Ouyang, et al,. A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component of hybrid rice. PNAS, 2012, 109:2654-2659.
公司简介
晶能生物技术（上海）有限公司（简称“晶能生物”）成立于2010年2月。自成立以来，高速发展，成为中国生物技术服务行业领先地位的公司。
晶能生物专注健康医疗产品和生命科学领域科技服务，抓住了中国健康医疗产业的巨大机遇和生命科学市场的快速成长势头，形成了以产品研发和科技服务为核心，涉足生命科学，临床疾病、人类健康等领域的产业化服务体系，在产品研发、人才建设、市场营销、销售渠道、专业服务等方面形成极具竞争优势的中国知名的高新技术企业。
晶能生物注重产品开发，成立创新健康医疗研究中心，资深的专家团队、国际先进的仪器设备，完善的管理和研发体系，让中心成为一个充满激情、力量雄厚、极具发展潜力的研发机构。
晶能生物通过ISO9001:2008质量体系认证, 并率先成为illumine CsPro和BioNano官方认证服务商。主要技术平台有BioNano单分子光学图谱平台、Illumina-Hiseq3000高通量测序平台、Illumina-Hiseq2500高通量测序平台、Illumina-Hiseq1500高通量测序平台、Illumina-Miseq高通量测序平台，Illumina-iScan基因芯片平台、Illumina-ECO Real Time PCR平台、Sequenome-质谱分析平台、曙光高性能服务器平台以及各种配套设备，完成项目达到近2000个，完成专利达到近10项，合作客户发表文章影响因子超过400。晶能生物已取得国内二代测序，基因芯片等市场的竞争优势，成为这个行业的领先者。
晶能生物奉行客户第一、共享快乐、共同成长、持续发展的原则，始终怀着感恩的心态，努力做一个让社会、客户、员工和股东满意的企业，并成为提供健康医疗产品和科技服务的领导性公司。
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