测序/合成

MeDIP-Seq及分析

基本信息
服务名称:
MeDIP-Seq及分析
英文名称:
参考报价:
总点击数:
2133
更新日期:
2015-07-14
服务类别:

服务详情
    MeDIP-Seq是基于免疫富集原理进行的全基因组DNA甲基化研究方法,它是通过5'-甲基胞嘧啶(5mC)抗体将基因组中的DNA甲基化区域富集后进行二代高通量测序,从而检测基因组上高CpG区域的甲基化位点。研究者通过MeDIP-Seq技术可以快速准确地寻找样品间相对DNA甲基化差异区域,进行不同细胞、组织及疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异分析,并可对发现的靶点区进行甲基化特异性PCR验证,特别适用于大样本量的疾病表观研究。该方法可以高效、经济地比较大样本量细胞、组织等样品间的相对甲基化差异,且成本较低,适合多样品DNA表观遗传学的研究。

技术优势

★ 高性价比:通过抗体富集高甲基化区域进行测序,有效降低项目成本
★ 精确度高:基因组位点定位精确性可达±50bp
★ 可靠性高:直接对富集的甲基化片段进行测序和定量,无交叉反应和背景噪音。
★ 周期短:相比于Bisulfite sequencing技术,能够快速比较样本间的相对甲基化差异
★ 
可重复性高

技术路线

生物信息分析流程

研究内容

标准信息分析

1. 测序数据质量评估与过滤(去接头污染、去低质量reads等)

2. 测序数据与参考基因组序列的比对

3. MeDIP测序数据的全基因组分布趋势

3.1 测序数据在每条染色体上的分布

3.2 测序数据在全基因组上的覆盖深度

3.3 测序数据在不同CpG密度区域中的分布

3.4 测序数据在不同功能元件上的分布

3.5 测序数据在不同GC含量区域的分布

4. 测序数据的Genome Browser可视化

5. 测序数据富集区域(Peak)统计分析

6. 基于Peak的差异甲基化基因的功能分析

高级信息分析

1. MeDIP与小RNA联合分析

2. MeDIPmRNA表达数据联合分析

公司简介

        上海美吉生物医药科技有限公司专注于新一代DNA高通量测序技术的应用和推广、生物信息分析、临床诊断试剂盒研发和转化医学研究,是上海张江高科技园区、张江药谷重点支持企业,华东师范大学战略合作单位。目前,美吉生物在上海、北京、广州三个一线城市建立了实验基地,销售网络遍布全国各地。

        美吉生物拥有世界一流的测序平台,在ABI3730xl常规测序平台的基础上,先后引进了罗氏454高通量测序平台和Illumina高通量测序平台,专业提供动植物基因组测序、微生物基因组测序、宏基因组测序、转录组测序、小RNA测序、基因表达谱分析等技术服务。

        美吉生物拥有一支实力雄厚的技术团队,有从事分子生物学研究十多年、经验丰富的技术骨干,也有创新进取、拼劲十足的希望之星。技术团队经验丰富,曾参与水稻、番茄、家蚕等多项大型基因组学项目,可以为您提供专业、合理、高性价比的实验方案。

        生物信息学是国际前沿的新兴学科,近年来发展迅猛。美吉生物拥有一支具有国际一流水平的生物信息分析团队,不仅可以提供标准流程化的生物信息分析,还可以根据不同的课题需求,提供个性化的深度数据挖掘。

        B2B(Bench to Bedside)的转化医学模式,大大缩短了医学科学从基础研究到临床应用的时间,加速了人类进入基因组医学时代的步伐。基于对未来医学发展趋势的充分理解,美吉生物和国内多家著名三甲医院联合建立了转化医学中心,开展转化医学研究,以迎接基因组医学时代的到来。

        美吉生物秉承“专业、卓越”的企业理念,“以客户为本,让客户满意”的服务宗旨,一如既往地致力于提供高品质、高效率的技术服务,努力将公司打造成为国内一流企业。因为敬业,所以专业;因为专业,所以选择;选择美吉,选择满意!


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