MiSeq 高通量测序平台

Illumina公司开发的MiSeq测序仪，它是Illumina公司于2011年2月推出的小型测序平台，是一台内置簇生成和数据产生的测序仪，具有测序速度快，数据准确的优点，可实现300bp×2的测序长度，具备革命性的便捷流程。

性能参数：

环境微生物群落多样性分析，基于Roche 454 FLX +、Illumina MiSeq等第二代高通量测序平台，对核糖体RNA高变区域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。探讨微生物多样性，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。

优势

★ 采用定向测序技术，避免了非定向测序造成的数据冗余，能充分利用每条有效序列，且便于后期的菌群分类处理。
★ 开发了一套稳定的多样本平行测序实验方案，并解决了样本间数据量不平衡的技术难题，一次可实现200个样品的平行测序。
★ 环境微生物群落多样性分析有Roche 454 FLX +和Illumina MiSeq两种高通量测序平台可供选择，根据不同的测序要求提供不同的解决方案。
★ 众多的成功案例，使宝杰罗生物在环境微生物群落多样性测序及分析方面处于国内领先地位。

技术路线     

生物信息分析流程

研究内容

1. 数据统计分析
2. 数据根据Barcode信息回归样品
3. OTU（Operational Taxonomic Units）聚类
4. 稀释性曲线（Rarefaction Curve）
 

图2 稀释性曲线

5. 分类学分析（Silva数据库）
6. 菌群多样性、丰度和测序深度指数计算
7. 多样品间两两sharedchao、sharedace指数计算
8. 组间显著性差异分析 
9. 群落结构分析

图 3单样品群落结构饼图                                       图 4多样品群落结构柱状图

10. 分类学树状图

图 5单样品分类学树状图                                   图 6多样品分类学比对树状图

11. 多样品相似度比对

图 7 多样品相似度比对树状图                          图 8 多样品相似度比对heatmap图

        
12. 样品OTU分布比较
 

图 9样品OTU分布比较Venn图

13. PCA（Principal component analysis）分析

图 10 PCA分析

14. Weighted and unweighted unifrac PCA分析

 
图 11 Weighted unifrac PCA分析

送样要求 1

1. 样品类型： DNA
2. 样品需求量：≥500ng
3. 样品浓度： ≥10ng/μL
4. 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解
5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。

送样要求 2

1. 样品类型： PCR产物
2. 样品需求量：≥100ng
3. 样品浓度： ≥5ng/μL
4. 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保PCR产物无降解
5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。

请加微信（wx25178776)并扫描下方宝杰罗公司微信公众号，会陆续推出相关讲座。

北京宝杰罗生物科技有限公司(BEIJING BIOGENRO BIOTECHNOLOGY CO.，LTD)成立于2002年，产品面覆盖DNA/RNA 提取纯化试剂盒、PCR 相关产品、各类克隆/表达载体资源、蛋白质相关产品、分子生物学和细胞培养常用优质耗材等等，并且提供优质、高效的DNA/RNA 合成、微生物新种鉴定、微生物菌种鉴定检测、PCR-DGGE菌群分析、微生物产品解析、产品污染菌分析、高通量测序服务，以及高质量的质粒提取、载体构建、基因克隆、分子标记、PCR 或反向PCR 等分子生物学、细胞生物学相关的各种实验技术服务。我们还代理销售国内外多家著名品牌的生物学试剂、耗材及仪器。进口生化试剂常规大量备货。企业总部在北京，目前，在上海、深圳、西安、哈尔滨等国内十几个大中城市设有代理点，销售网络遍及全国，并且正逐步地走向国外市场。对待所有的客户，我们坚持恪守“三优”原则：优质、优价、优服务。也诚恳地欢迎所有的人对我们的产品和服务随时提出您宝贵的意见和建议，您的任何意见或建议对我们都很重要，我们都会认真对待。同时，公司还从事微生物生物技术的研究开发和应用，真诚希望与相关企事业单位合作。我们一起努力,领跑生物科技前沿，创造未来价值。