转录组测序及分析，数据深入挖掘
 
Illumina 2500 高通量测序平台，通过信息分析，可获得基因表达差异信息、SNP分析、预测新转录本等信息，为研究基因的结构和基因的表达调控提供了重要的手段。   
 
 
样品要求
样品需求量（单次）：≥5μg;
样品浓度：≥80 ng/μL;
样品纯度：OD260/280≥1.8；OD260/230 ≥1.8；RIN ≥6.0，23S:16S≥1.0
 
实验流程
提取样品总RNA后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则用试剂盒去除rRNA后进入下一步）。加入fragmentationbuffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（randomhexamers）合成第一条cDNA链，然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymeraseI合成第二条cDNA链，在经过QiaQuickPCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加poly（A）并连接测序接头，然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择，最后进行PCR扩增，建好的测序文库用IlluminaHiSeq™ 2500进行测序。
 
 
分析流程及内容：
 

 
标准信息分析
l  对原始数据进行去除接头和低质量reads的处理
l  测序评估
l  基因表达注释
l  基因差异表达分析
l  预测新转录本
l  等位基因差异表达分析（需正反交实验设计）
 
无参考序列信息分析
l  对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理；
l  数据产出统计及测序数据的成分和质量评估；
l  组装结果分析（Contig长度分布、Unigene*长度分布）；
l  Unigene  功能注释及COG分类；
l  Unigene  的GO分类；
l  Unigene  代谢通路分析；
l  预测编码蛋白框（CDS）；
l  Unigene  表达差异分析；
l  Unigene  在样品间的差异GO分类和Pathway 富集性分析；
l  SNP  分析；
l  SSR  开发及引物设计；
l  主成分分析（五个或五个以上样品）；
l  条件特异表达分析（五个或五个以上样品）
 
数字基因表达（DGE）

• 基因表达水平分析
• 差异表达基因分析
• GO/KEGG
• 蛋白相互作用
• 基因共表达网络构建

 
 
 可根据需求进行个性化分析，提供分析代码，客户可重现分析。
 
 
另：提供单细胞测序、LncRNA测序等。

    西农生（北京）生物技术有限公司是开展蛋白质组技术专业服务的生物技术公司,搭建了以Amersham的高通量双向电泳系统和Bruker公司最先进的autoflex II TOF/TOF质谱系统为基础的，配以样品处理及蛋白质数据分析为辅的蛋白质技术平台，提供从样品处理到2D胶,直到质谱鉴定及数据分析的全流程服务。

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