芯片与生物信息学

Patharray™机制研究服务——生物信息分析

基本信息
服务名称:
Patharray™机制研究服务——生物信息分析
英文名称:
Patharray™ service
参考报价:
800-720-0302询价
总点击数:
1811
更新日期:
2020-11-06
服务类别:

服务详情

Patharray™机制研究服务——生物信息分析

 

您是否 
 
  • 明确待研基因生物学功能,但对于下游机制研究一筹莫展?
  • 某项科研工作已告一段落,但还想进行更深入的研究?

 
吉凯基因Patharray™服务帮助您更好更快的进行深入的机制研究! 
目前主流的研究思路都是从一个待研基因出发,通过寻找明星的通路或者直接作用的明星基因来解释一个临床问题或者提出一个科学假说,那么找到这个明星通路或者明星基因就显得至关重要,吉凯基因通过10多年的努力,建立了一套完整疾病基因数据库、基因作用网络数据库,在目的细胞中敲减或过表达目的基因后,帮助您在所研究方向上靶向明星通路并且提供后续的研究建议。
 

芯片综合产品分析流程

 
 

数据分析样例 
1.  芯片数据 QC 
1.1 Signal Histogram 
 
芯片的信号值分布图。每条信号分布曲线的重合度越好表示芯片实验的可靠性越高。 
 

1.2 Relative Signal Box Plot 
 
芯片Normalization后的箱型图,红线是baseline。此图表示了每张芯片数据在进行permutation后的百分位数分布,它们的分布越接近,数据的重复性就越高。 
 

1.3 Pearson's Correlation (signal) 
 
芯片的相关系数图,表示所有芯片两两之间的相关程度,本图使用皮尔森相关系数,当系数等于1.0时未完全正相关,相关系数越接近1.0,其相关性越高。
 
1.4 PCA 
  
PCA (Principal Component Analysis), 主成分分析。用来表示每张芯片在组内组间的相似和差异度。
 
2.  芯片数据分析 
2.1  有显著差异表现的基因数目 
根据实验设计要求,将差异基因的比较结果以下表呈现,基因表现有显著差异的筛选标准为必须符合丨FC丨要大于2,并且P value值要小于0.05,详细基因表达分析见“数据分析报告” 

 

项目 比较组 上调基因数 下调基因数
1 C16_+ vs C16_- 338 58
备注:
 

 
2.2  火山图 
 
 
2.3  散点图 
 
 
2.4  聚类图 
 
 

3. Pathway  GO 分析 
根据筛选出的差异基因,进行Pathway分析和Gene Ontology分析(即GO分析)。
根据生物学功能的不同,将差异基因进行Pathway Analysis,计算包含多少差异基因,并列式基因名称。
 
Pathway 分析 
 
 
GO 分析 
 
 
 
 
 4.  深入分析 
根据初步分析结果,挑选感兴趣的pathway/gene进行深入分析。
 
 
 
 
  
 

5.下游基因验证  
 




上海吉凯基因化学技术有限公司 
地址:上海张江高科技园区爱迪生路332号 邮编:201203 
电话:8621 5132 0189
传真: 86-21-51370635
售前热线:800 720 0302
售后热线:400 621 0302
办公邮箱:service@genechem.com.cn   
URL: http://www.genechem.com.cn

公司简介

吉凯基因成立于2002年,是一家以转化医学为核心模型的创新诊疗产品开发公司。

在国外,转化医学是创新药物形成的成熟模式,
但在中国仍处于起步阶段。致力于与研究型医生共同解决中国特有、高发疾病的新药研发难题,开发属于中国人自己的创新药物,吉凯基因积极接轨国际成熟的创新药物形成模式,潜心深耕17年,目前已建成从基础研究到临床前研究再到临床研究的完整研究开发体系,形成独一无二的转化医学系统

吉凯基因总部位于上海张江,目前在职员工超过500人,其中50%以上具有硕士学位,10%以上具有博士学位;拥有涵盖组学研究平台、载体制备平台、细胞与动物模型构建平台在内的全面基础科研平台以及1500m2的标准化GMP车间,可针对不同医生的临床科研需求展开合作,并协助研究型医生高效、高质的形成研究成果,目前已累计参与10000多篇SCI文章的基础科研工作,并申请专利121项,其中获得授权62项;PCT专利申请5项,其中获得美国授权2项。

基于工程化、系统化、产业化的专家系统及技术平台,吉凯基因与全国超过90%的研究型医院建立了良好的信任合作关系,累计助力研究型医超过30%在合作中不断加深对疾病机制的深刻理解,并发现数百个在中国特有、高发肿瘤中发挥关键作用的候选靶标基因,建成吉凯独特的疾病关键基因数据库,形成吉凯基因丰富的临床资源。

临床资源是吉凯基因新药开发的基础,吉凯基因在中国开创性地应用从疾病标志物及靶标发现、靶点验证到药物开发,最终到临床试验的全链条新药开发流程,与研究型医生共同进行基因治疗、细胞治疗以及抗体药物新靶标的研究,并挖掘具有开发转化前景的项目,利用自身所具备的新药开发能力,进行新药研发以及后期的成果转化。其中,CD19-CART在顶尖三甲医院进行的超过30例临床试验中获得极好的安全性及疗效,目前该项目已进入IND申报阶段,同时多个血液瘤和实体瘤项目也与临床医生共同推进至临床研究阶段。

 “致力转化医学,共创健康明天”,吉凯基因将建立“以终为始”的基因诊疗品种创新创制平台,开发中国高发、少药和难诊疾病的先进诊疗产品,让患者因为吉凯的努力获得更高的五年生存率!


 

合作成果

作为基因功能研究的专业技术服务公司,吉凯基因为中国生命科学领域的科学家和医药企业提供了诚信和优质的服务。中国生物医学领域科学家发表的国际高质量科学论文中,截止2015年12月底,已经有近3000篇使用了吉凯基因的产品和服务,包括发表在Cell(影响因子33.116),Nature(影响因子42.351), Nature Neuroscience(影响因子14.976), Neuron(影响因子15.982)等杂志上的文章。应用案例中,详细列出了这些文章。

 

 

 

技术及研究资源

Affymetrix全基因组表达谱和miRNA芯片平台;

高效shRNA文库构建技术平台;

cDNA文库构建技术平台;

慢病毒、腺病毒、腺相关病毒的构建、包装和纯化技术平台;

基因作用靶点快速筛选技术平台;

药物作用靶点快速筛选技术平台;

稳定表达细胞株构建技术平台;

转基因小鼠平台。

 

市场覆盖

经过多年的努力,公司和遍及全国各地的、近300家3级甲等医院的临床科研工作者建立了稳固、持续的合作关系。

 


售后服务
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