芯片与生物信息学

lncRNA芯片技术服务

基本信息
服务名称:
lncRNA芯片技术服务
英文名称:
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总点击数:
2077
更新日期:
2024-09-03
服务类别:

服务详情
      长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)是一类转录本长度超过200nt,不编码蛋白的RNA。lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明lncRNA能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达,参与了 X 染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程,与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。

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      虽然越来越多的lncRNA被发现,但是人们现在了解到的lncRNA只是冰山一角,绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。现阶段基因芯片技术发展趋于成熟稳定,在此平台上,通过设计不同的lncRNA探针,可以更加快速、高通量地筛选出疾病或特定生物学过程中差异表达的 lncRNA和mRNA信息,最终找到lncRNA的靶基因位点深入分析调控机制。


               

lncRNA 特征                 

         

    1. 结构特征:lncRNA长度大于200nt,具有mRNA样结构,部分具有poly(A)尾巴;
    2. 组织特异性:不同组织之间的lncRNA表达量不同;
    3. 时空特异性:同一组织或器官在不同生长阶段,其中的lncRNA表达量也会变化;
    4. 调控多样性:lncRNA可从染色质重塑、转录调控及转录后加工等多种层面实现对基因表达的调控;
    5. 亚细胞定位:lncRNA的亚细胞位置也呈多样化,在细胞核、细胞质和细胞器均有分布;
    6. 疾病特征性:lncRNA在肿瘤与其它疾病中有特征性的表达方式。


               

lncRNA芯片技术服务                 

               

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1. Agilent lncRNA芯片                 

               

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芯片具体信息介绍:                 

               

     Agilent Human lncRNA Microarray v4.0 (4×l80K)          

     华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的人类表达谱芯片,除了涵盖32,776条Entrez Gene RNAs的探针外,更设计了78,243条lncRNA探针,lncRNA数据库来源于Broad Institute、 Human Body Map lincRNAs、TUCP catalog、UCSC lincRNAs Transcripts、GENCODE 18、NONCODE V4.0、Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding LncRNA (UCR)、lncRNAdb、ncRNA等多个数据库。

               

     Agilent Mouse lncRNA Microarray v2.0 (4×l80K)             

     华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的小鼠表达谱芯片,除了涵盖39,430条Entrez Gene RNAs外,更涵盖了约51,302 条lncRNA,lncRNA数据库来源于NONCODE V3.0、Ensembl、 RefSeq、Ultra-conserved region encoding IncRNA (UCR)> lncRNAdb、ncRNA 等多个数据库。

               

     Agilent Rat lncRNA Microarray v2.0 (8×60K)         

      华盈生物基于Agilent G3平台最新设计的大鼠表达谱芯片,除了涵盖约30,000条Entrez Gene RNAs外,更涵盖了约10,000条lncRNA,lncRNA数据来源于航天医学基础与应用国家重点实验室的大鼠lncRNA测序数据,及 Ensembl、RefSeq、Ultra-conserved region encoding lncRNA (UCR)、lncRNAdb、lncRNA等多个权威公共数据库。

              
               

2. Affymetrix lncRNA芯片                 

               

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芯片具体信息介绍:                 

               

     Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0               

     GeneChip® Human Transcriptome 2.0 (HTA2.0)为Affymetrix最新开发的高密度探针芯片。这一高分辨率芯片包含了超过六百万条不同探针,覆盖编码和非编码转录本。该芯片上70%的探针覆盖编码转录本的外显子,其余30%的探针覆盖外显子之间的剪接位点和非编码转录本。芯片设计和注释的数据来源于 RefSeq、Ensembl、UCSC、Vega、MGC (v10)、NONCODE、lncRNA db和Broad Institutee, Human Body Map lincRNAs and TUCP catalog等多个权威公共数据库。

               

     Affymetrix GeneChip® Mouse Transcriptome Array 1.0
   GeneChip® Mouse Transcriptome 1.0 (MTA1.0)为Affymetrix最新开发的高密度探针芯片。这一高分辨率芯片包含了超过五百万条不同探针,覆盖编码和非编码转录本。该芯片设计的探针覆盖超过114,000个蛋白编码转录本和超过101,000个非蛋白编码转录本。芯片设计和注释的数据来源于 RefSeq、Ensembl、UCSC、Vega、MGC (v10)、NONCODE、lncRNA db、MGI和Intergenic noncoding RNA from Luo, et al (doi:10.1371/journal.pone.0070835)等多个权威公共数据库。

               

lncRNA芯片服务特色                 

               

1. 信息全、新:覆盖了多个权威数据库新lncRNA信息,涵盖全面的lncRNA序列和mRNA信息;

2.物种丰富:包含人、大鼠、小鼠lncRNA芯片,其他物种可以进行芯片定制;

3.可同时检测lncRNA和mRNA:在同一张芯片上对lncRNA和mRNA进行检测,挖掘二者之间的关联;
4.产品质量有保证:Agilent和Affymetrix公司均为基因芯片领域的一线品牌,其芯片产品经历多年的实践检验,品质有保证。
5.独特的技术优势:相比高通量测序方法,基因芯片进行lncRNA研究具有实验周期短、冗余数据少、分析便捷的优势。
6.特色数据分析服务:华盈生物与美国高校院所进行合作,开发了一套深度挖掘lncRNA的功能机制的特色分析体系;同时还提供lncRNA定量PCR服务,完成lncRNA研究的一站式服务。


              

lncRNA芯片数据分析流程                

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公司简介

上海华盈生物医药科技有限公司 位于上海闵行区绿洲环路396弄5幢4层,是医学生物技术领域的特色高科技企业。2012年3月,华盈生物由原生物芯片上海国家工程研究中心副主任即技术平台建设主要负责人张庆华博士发起创建。张庆华博士是国家生物芯片标准化委员会等多个国家级学会的委员,承担和参与了国家重大科技专项、“863”、“973”、自然科学基金等多个科研项目,被多所重点高校聘为博士生导师,并享受国务院特殊津贴。

    华盈生物以科学和专业为服务理念,视人才队伍为企业生命,汇聚了多名多年从事基因组学与系统生物学研究的高层次研究人员。公司团队中 30% 成员具有博士学历,40% 成员具有硕士学历,30% 成员具有大学本科学历,是一支名副其实的高学历科技人才队伍。严谨、严格、创新和求真务实的工作作风贯彻公司上下。

    华盈生物以蛋白与抗体芯片的技术研发与推广为核心,与美国 Full Moon、RayBiotech、CDI 等国际专业公司结成战略伙伴,与美国John Hopkins大学、上海交通大学、复旦大学等知名院校展开紧密合作。引进和开发了丰富的蛋白芯片与抗体芯片技术平台,提供信号通路蛋白质磷酸化胞内蛋白质表达细胞因子表达蛋白质相互作用血清抗体谱筛选等多项蛋白水平组学技术服务项目。同时,公司充分发挥核心团队系统生物学研究背景优势,积极发展基因表达谱芯片、microRNA芯片、LncRNA芯片、PCR Array等多项基因水平研究技术服务,力求通过强大的数据挖掘与分析延伸服务打造出一个立体的组学科研技术服务体系,实现广大科研工作者“一站式”科研服务的愿望。


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