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【功能代谢组学】新式利器【回归分析】

基本信息
服务名称:
【功能代谢组学】新式利器【回归分析】
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2180
更新日期:
2022-03-24
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服务详情

功能代谢组学的新式利器【回归分析】已经默默的开展了一个多月了,以低至5000元/组的劲爆价格,常规快到3个工作日的极短周期,受到了大家的一致好评。

科普:

【回归分析】是功能代谢组学研究的重要工具,通过建立回归模型可考察组学多元变量数据与功能、质量、等级等宏观数据之间的关联,从而实现筛选重要变量、建立评价标准和预测结果等目的。

应用场景:

临床诊断:分析发病过程中趋势性变化的代谢物,获得潜在的诊断标志物或治疗靶点;

质量评价:筛选出影响质量、感官等的关键代谢物,获得评级和优化的线索;

药效:从成分复杂的样本中寻找最关键的生物活性物质、快速解析物质功能;

生产:分析不同产量、质量生产过程,明确关键生产条件和优化策略。

 

分析案例图表示例:

图1 OPLS模型得分图(颜色为分组信息) 

 

图2 随机置换检验

 

图3 模型预测值与实际检测值对应图

 

图4 回归模型载荷图(用颜色表征VIP值,偏暖色区域VIP较高)

 

图5 回归模型VIPpre>1物质散点图(可生成表格)

 

图6 回归模型S-plot(用颜色表征VIP值,偏暖色区域VIP较高)

 

表 OPLS模型参数

 

模型的建立和功能:

 

正交偏最小二乘回归(OPLS)分析模型:
使用SIMCA 14.1中的OPLS模块,建立正交偏最小二乘回归分析模型。通过建立数学模型,实现由X数据组中的各变量与回归目标Y建立误差最小的拟合方程式。基于正交算法的过滤,在模型拟合时可排除与Y无关的变量,从而可对目标生物现象或过程进行更深刻的解读,发现与回归目标Y最重要的变量X;同时,由已建立的方程式,可通过新样本的X数据预测出其Y值。使用SIMCA 14.1时,也可同时对多个Y值进行模型拟合和分析。

回归分析可获得的结果如下:
OPLS模型得分图(Score plot)、置换检验(Permutation test)和预测-实际值回归线;
OPLS模型载荷图(Loading Plot)、变量VIP(variable importance)值和S-plot;
新样本数据预测(需通过SIMCA 14.1中Predict模块实现)。

模型功能:
通过模型质量,反映数据组与目标参数相关程度;
通过建立实际值与预测值的散点图,反映回归模型的预测能力(包括误差分析);
通过VIP值等变量分析工具,从众多变量中筛选出影响比较大的变量,作为后期优化、考察的对象;
通过使用SIMCA中的预测功能,对预测集数据及新检测样品的目标值进行预测分析(包括预测误差分析)。

数据结构要求:

回归分析所需数据如下:
组学数据(X):样本中代谢物组信息(相对含量、绝对含量或信号强度)或过程参数(温度、转速、pH等检测值);
目标数据(Y):宏观生物学的数据,如:临床血常规数据、存活率、基因表达、蛋白表达等各种分子生物学或细胞生物学数据;也可为实验条件或过程变量,如时间、不同给药量、不同培养条件等。

其他参考文献:(如需以下相关文献请点击)

Yao K, Wang J, Zhu C, et al. Results of Different Quantitative Diagnosis Analysis on the Symptoms and Signs of Blood Stasis Syndrome in Coronary Heart Disease [J].World Science & Technology, 2009, 11(5):684-688.

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Zhang Q, Wang J, Zhang C, et al. The components of Huang-Lian-Jie-Du-Decoction act synergistically to exert protective effects in a rat ischemic stroke model [J].Oncotarget, 2016.

Jing J, Shi Y, Zhang Q, et al. Prediction of Chinese green tea ranking by metabolite profiling using ultra-performance liquid chromatography-quadrupole time-of-flight mass spectrometry (UPLC-Q-TOF/MS) [J]. Food Chemistry, 2017, 221:311-316.

Li S, Sullivan N L, Rouphael N, et al. Metabolic Phenotypes of Response to Vaccination in Humans[J]. Cell, 2017, 169(5):862-877.

 

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公司介绍:上海百趣生物医学科技有限公司(简称百趣生物)成立于2013年4月,是一家专业提供生命科学前沿研究技术应用、咨询及开发的高新技术企业。百趣生物专注于创新质谱技术在生命科学研究与医学健康两大领域的应用,尤其在生命科学研究领域,公司在国内市场获得了优秀的口碑。自成立以来,百趣生物相继被认定为国家高新技术企业、高新技术成果转化项目、上海市科技型中小企业技术创新资金资助项目,百趣实验室相继取得了病原微生物实验室BSL-2备案、CMA认证。公司目前已经建立并完善的代谢组学平台,包括非靶标代谢组、高通量靶标代谢组、常规靶标代谢组、脂质组学、代谢流检测,同时建立了蛋白质组学平台,提供靶向及非靶向蛋白组学、修饰蛋白质组学、多肽组学等业务。

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