【功能代谢组学】新式利器【回归分析】
功能代谢组学的新式利器【回归分析】已经默默的开展了一个多月了,以低至5000元/组的劲爆价格,常规快到3个工作日的极短周期,受到了大家的一致好评。
科普:
【回归分析】是功能代谢组学研究的重要工具,通过建立回归模型可考察组学多元变量数据与功能、质量、等级等宏观数据之间的关联,从而实现筛选重要变量、建立评价标准和预测结果等目的。
应用场景:
临床诊断:分析发病过程中趋势性变化的代谢物,获得潜在的诊断标志物或治疗靶点;
质量评价:筛选出影响质量、感官等的关键代谢物,获得评级和优化的线索;
药效:从成分复杂的样本中寻找最关键的生物活性物质、快速解析物质功能;
生产:分析不同产量、质量生产过程,明确关键生产条件和优化策略。
分析案例图表示例:
图1 OPLS模型得分图(颜色为分组信息)
图2 随机置换检验
图3 模型预测值与实际检测值对应图
图4 回归模型载荷图(用颜色表征VIP值,偏暖色区域VIP较高)
图5 回归模型VIPpre>1物质散点图(可生成表格)
图6 回归模型S-plot(用颜色表征VIP值,偏暖色区域VIP较高)
表 OPLS模型参数
模型的建立和功能:
正交偏最小二乘回归(OPLS)分析模型:
使用SIMCA 14.1中的OPLS模块,建立正交偏最小二乘回归分析模型。通过建立数学模型,实现由X数据组中的各变量与回归目标Y建立误差最小的拟合方程式。基于正交算法的过滤,在模型拟合时可排除与Y无关的变量,从而可对目标生物现象或过程进行更深刻的解读,发现与回归目标Y最重要的变量X;同时,由已建立的方程式,可通过新样本的X数据预测出其Y值。使用SIMCA 14.1时,也可同时对多个Y值进行模型拟合和分析。
回归分析可获得的结果如下:
OPLS模型得分图(Score plot)、置换检验(Permutation test)和预测-实际值回归线;
OPLS模型载荷图(Loading Plot)、变量VIP(variable importance)值和S-plot;
新样本数据预测(需通过SIMCA 14.1中Predict模块实现)。
模型功能:
通过模型质量,反映数据组与目标参数相关程度;
通过建立实际值与预测值的散点图,反映回归模型的预测能力(包括误差分析);
通过VIP值等变量分析工具,从众多变量中筛选出影响比较大的变量,作为后期优化、考察的对象;
通过使用SIMCA中的预测功能,对预测集数据及新检测样品的目标值进行预测分析(包括预测误差分析)。
数据结构要求:
回归分析所需数据如下:
组学数据(X):样本中代谢物组信息(相对含量、绝对含量或信号强度)或过程参数(温度、转速、pH等检测值);
目标数据(Y):宏观生物学的数据,如:临床血常规数据、存活率、基因表达、蛋白表达等各种分子生物学或细胞生物学数据;也可为实验条件或过程变量,如时间、不同给药量、不同培养条件等。
其他参考文献:(如需以下相关文献请点击)
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