基于SILAC的定量蛋白组分析
SILAC即细胞培养条件下稳定同位素标记技术(Stable Isotope Labeling By Amino Acids In Cell Culture,SILAC),其实验流程是在细胞培养基中加入轻、中或重型稳定同位素标记的必需氨基酸(赖氨酸和精氨酸),通过细胞的正常代谢,使新合成的蛋白带上稳定同位素标签。等量混合各类型蛋白质,酶解后进行质谱分析。通过比较一级质谱图中同位素峰型的面积大小进行相对定量,同时二级谱图对肽段进行序列测定从而进行蛋白鉴定。
百泰派克公司采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF质谱平台,Orbitrap Fusion质谱平台,Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC,推出基于SILAC的定量蛋白组分析服务技术包裹,您只需要将您的实验目的告诉我们并将您的细胞寄给我们,我们会负责项目后续所有事宜,包括细胞培养、细胞标记、蛋白提取、蛋白酶切、肽段分离、质谱分析、质谱原始数据分析、生物信息学分析。
1.您只需干冰将冻存细胞寄给我们即可,同时保证细胞具有可以传代培养5次以上的能力;
2.如果您需要自己标记细胞并完成细胞的刺激等处理过程,您只需要将标记完成并且经过处理的细胞样品或者蛋白样品干冰寄给我们即可;对于每个样品,需要保证含有50-100ug蛋白。
您只需下单-寄送样品
百泰派克一站式服务完成:样品处理-上机分析-数据分析-项目报告
对于动物细胞来说有必需氨基酸和非必须氨基酸之分,必须氨基酸是指细胞自身无法合成,只能从体外获取。SILAC定量技术就是利用这一原理,将细胞培养体系中的两种必须氨基酸:赖氨酸和精氨酸(选择此两种氨基酸的目的是因为后续的酶切反应会使用Trypsin进行,该酶的切割位点是赖氨酸或者精氨酸后的肽键,选择此两种氨基酸对蛋白进行标记,保证酶切之后的每一个肽段均会带有标记)替换成稳定同位素标记的"重标"赖氨酸和精氨酸,经过细胞传代培养,"重标"氨基酸会逐步替换掉原来的"轻标"氨基酸,之前的实验表明,细胞传代培养5此以上,上述替换过程可以基本完成。经过标记的"重标"细胞蛋白与"轻标"细胞蛋白有同样的氨基酸序列,但是分子量有明显并且固定的差异,保证"重标"和"轻标"肽段在质谱分析过程中可以同时被鉴定到并且形成匹配关系,通过直接比较两者质谱峰的面积得到两个肽段所代表的蛋白的相对定量关系。
基于SILAC的定量蛋白组研究路线
在最终的技术报告中,百泰会为您提供详细的中英文双语版技术报告,报告包括:
1, 实验步骤(中英文)
2, 相关的质谱参数(中英文)
3, 鉴定物质的信息
4, 原始数据
5, 生物信息学分析
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