细菌基因组测序分析
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细菌基因组测序介绍 细菌基因组测序，可分为细菌基因组de novo测序和细菌基因组重测序两类。细菌基因组de novo测序，即从头测序是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个细菌物种进行测序，利用生物信息学分析手段对序列进行拼装，从而获得该细菌物种的基因组序列。细菌基因组重测序是对已有参考序列（Reference Sequence）的物种的不同个体进行基因组测序，并以此为基础进行个体或群体水平的差异性分析。可关注大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、插入缺失（InDel, Insertion/Deletion）、结构变异（Structure Variation，SV）等变异信息。细菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制，已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。
根据不同的研究目的和需求，细菌基因组测序可具体分为以下产品： 细菌重测序 构建小片段文库，深度测序，基于已知参考基因组关注基因组变异情况（包括SNP和InDel等），可进行群体研究。细菌denovo测序 细菌框架图：构建小片段文库，采用高深度测序（100X）和初级的基因组从头组装策略，可满足细菌基因组研究的基础需求。细菌精细图：构建大片段和小片段文库，采用高深度测序（150X）和针对性的基因组从头组装策略，是目前细菌基因组研究的主导产品。 细菌完成图：根据待测菌株具体情况量身定制最优策略，构建不同大小片段及类型文库，综合利用多种高通量测序技术及组装技术，最终组装得到一条完整的基因组序列（1 Contig，0 gap），是细菌基因组测序从头组装的最高标准。
流程图
结果示例  案例分析
案例：耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）全基因组测序揭示其传播机制及系统发育
Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.
 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）是一种常见的引发医院内感染的致病菌，本研究对泰国东北部一家医院分离出的79株菌进行了全基因组测序，绘制了该菌的系统发育树，并发现了多个不同进化支，据此推理出感染病人之间的MRAS传播途径。 技术参数
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