全基因组Survey
基因组Survey基于小片段文库的低深度测序数据,通过K-mer分析,从而有效的评估基因组大小、GC含量、杂合度以及重复序列含量等信息,是全面了解某一物种基因组特征的有效方法,
为后续的全基因组de novo 测序组装策略的制定提供理论依据。
基于K-mer分析,可快速确定基因组特征,该方法已广泛应用于评估基因组基本特征。
从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。
分析内容=标准分析+高级分析。
通过K-mer分析,预估物种基因组大小,并对物种基因组,重复序列情况进行分析。对基因组进行初步组装,进行GC含量和外源污染分析。同时,基于初步组装的版本,可以进行SSR标记开发和同源注释。
基因组Survey | 分析内容 |
标准分析 | 基因组大小评估 |
杂合度评估 | |
重复率评估 | |
初步组装 | |
GC含量评估 | |
高级分析 | SSR标记开发 |
同源注释 |
测序深度为50X,基于小片段数据,通过K-mer分析可以有效评估基因组大小、GC含量、杂合度以及重复序列含量等信息,除此之外还可以对数据进行初步组装、SSR标记的开发以及同源注释。
基因组Survey采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。
诺禾致源已经成功对鸟类、哺乳动物、水产动物、经济作物、兰科植物、中草药等进行基因组特征评估,结合丰富的项目经验,专业的项目方案指导和分析流程,保证快速、准确的评估基因组特征。
作为目前国内基因测序领域的佼佼者,诺禾致源的业务覆盖生命科学基础科研服务、医学研究与技术服务、建库测序平台服务,为全球研究型大学、科研院所、医院、医药研发企业、农业企业等提供基因测序、质谱分析和生物信息技术支持等服务。
自成立以来,诺禾致源先后获得国家高新技术企业、北京市科技研究开发机构、北京市专利试点单位、北京市企业技术中心及国家发改委基因检测技术应用示范中心等多项资质与荣誉,并建设有北京市工程实验室。
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