RIP-seq定制专属胞内RNA与蛋白研究
RIP-seq是研究细胞内RNA与蛋白结合情况,以RNA免疫共沉淀(RIP)为基础,采用特异抗体对RNA结合蛋白或者特殊修饰的RNA进行免疫共沉淀后,分离RNA,通过Illumina测序,在全转录组范围内研究被特定蛋白特异结合的RNA区域或种类,且可比较多个样品间差异。
采用卓越的RIP-seq技术,结合高性价比的测序数据和信息分析,在全转录组范围内对蛋白结合位点进行筛选与鉴定,系统、全面、精准挖掘结合位点,深度解析目标RNA种类以及其与蛋白的相互作用。
从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。
诺禾致源RIP-seq测序项目,通过对IP下来的合格RNA样本,建库测序,获得高质量reads,根据SCC曲线判断IP效果,通过motif分析判断IP的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能,以及特异蛋白结合的RNA种类。
了解更多>>分析内容 | 解决问题 |
测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
与参考基因组比对 | scc分析,判断IP效果 |
peak峰calling | 分析蛋白结合位点 |
样品间相关性分析 | 判断实验分组设计是否合理 |
motif分析 | 蛋白结合序列的偏好性 |
peak峰相关基因注释 | 寻找蛋白潜在调控或者结合的基因 |
差异peak分析 | 分析不同样本间差异peak峰 |
相关基因功能分析 | 相关基因GO,KEGG富集分析 |
RIP-seq采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。
至2015年12月,诺禾致源已经成功对牛、鼠、猪、人,
拟南芥等20多种哺乳动物和模式植物进行RIP测序分析,根据客户研究的特殊性,
订制个性化实验方案,协助客户完成大量基于NCS的个性化分析。
“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”,
确保每一个环节都能出色完成,助力出色的科学研究。
作为目前国内基因测序领域的佼佼者,诺禾致源的业务覆盖生命科学基础科研服务、医学研究与技术服务、建库测序平台服务,为全球研究型大学、科研院所、医院、医药研发企业、农业企业等提供基因测序、质谱分析和生物信息技术支持等服务。
自成立以来,诺禾致源先后获得国家高新技术企业、北京市科技研究开发机构、北京市专利试点单位、北京市企业技术中心及国家发改委基因检测技术应用示范中心等多项资质与荣誉,并建设有北京市工程实验室。
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