小提琴图是箱线图与核密度图的结合，中间部分反映箱线图的信息，两侧反映密度图的信息。与箱线图相比，小提琴图的优势在于：除了显示数据的“集中性”和“离散性”，它还展示了任意位置的密度，可以直观看出数据的整体分布情况。

library(ggplot2)

library(ggsignif)

# 绘图使用R内置数据PlantGrowth

# weight列为植物干重测量值

# group列包含三个水平：对照和两种处理条件

data('PlantGrowth')

data<-PlantGrowth

# 设置对比组

compared<-list(c("ctrl", "trt1"),

                  c("ctrl","trt2"),

                  c("trt1","trt2"))

# 绘图框架准备

ggplot(data,aes(x=group,y=weight,fill=group))+

# 绘制小提琴图

geom_violin(trim=F,alpha=0.5)+

# 绘制箱线图

geom_boxplot(width=0.1,outlier.colour=NA)+

# 添加均值点（按需）

stat_summary(fun=mean, geom='point')+

# 添加显著性注释

# 默认wilcox.test，可根据数据分布选择t.test

geom_signif(comparisons=compared,

              y_position=c(7.2,7.7,8.2),

              map_signif_level=T) +

# 更改颜色及主题

scale_fill_manual(values=c('steelblue','#DB7093','#90be6d'))+theme_classic()+theme(

axis.line=element_line(colour='black'),

axis.text=element_text(colour='black'),

axis.title.x=element_blank(),

legend.position='top',

text=element_text(family='sans'))

结果展示

云雨图

云雨图是半小提琴图（“云”）与散点图(“雨”)的结合，在小提琴图的基础上增加了原始数据点的展示，既美观又包含更多的数据信息。

library(ggplot2)

library(gghalves)

data('PlantGrowth')

data<-PlantGrowth

ggplot(data,aes(x=group,y=weight,fill=group))+

# 绘制半小提琴图

geom_half_violin(trim=F,side='r',colour=NA)+

# 绘制箱线图

geom_boxplot(width=0.1,outlier.colour=NA)+

# 绘制散点

geom_half_dotplot(binwidth=0.12, dotsize=0.5,

stackdir='down',color=NA,position=position_nudge(x=-0.1))+

# 旋转坐标

coord_flip()+scale_fill_manual(values=c('steelblue','#DB7093','#90be6d')) +theme_classic() +theme(

axis.line=element_line(colour='black'),

axis.text=element_text(colour='black'),

axis.title.y=element_blank(),

legend.position='top',

text=element_text(family='sans'))

结果展示

公司介绍:上海百趣生物医学科技有限公司（简称百趣生物）成立于2013年4月，是一家专业提供生命科学前沿研究技术应用、咨询及开发的高新技术企业。百趣生物专注于创新质谱技术在生命科学研究与医学健康两大领域的应用，尤其在生命科学研究领域，公司在国内市场获得了优秀的口碑。自成立以来，百趣生物相继被认定为国家高新技术企业、高新技术成果转化项目、上海市科技型中小企业技术创新资金资助项目，百趣实验室相继取得了病原微生物实验室BSL-2备案、CMA认证。公司目前已经建立并完善的代谢组学平台，包括非靶标代谢组、高通量靶标代谢组、常规靶标代谢组、脂质组学、代谢流检测，同时建立了蛋白质组学平台，提供靶向及非靶向蛋白组学、修饰蛋白质组学、多肽组学等业务。

客服热线：400 664 9912 或 021-61531195

公司官网：www.biotree.cn