微生物多样性测序
服务详情
基于illumina 测序平台，微生物多样性测序（又称扩增子测序）是指对16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定区段PCR产物进行高通量测序，突破传统微生物不可培养的缺点，获得环境样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等信息。
技术优势
▶ 样本类型广泛：粪便、内容物、土壤、水体、淤泥、发酵物等样本
▶ 灵活：多种测序策略可满足16S/18S/ITS不同高变区域的研究需求
▶ 鉴定到“种”，准确性高：菌群多样性鉴定精细到“种”，分类更明确；从碱基保守水平测定，真实反映物种情况
▶ 平台优，数据质量高：基于优质的Illumina测序平台，数据质量高，Q30＞85%；
▶ 质控严格：严格的质控管理，确保每一个环节都出色完成
▶ 分析内容丰富：可选择与宏基因组、宏蛋白组、代谢组联合分析，分析内容更丰富。
参考文献
1.Gut bacterial diversity of the tribes of India and comparison with the worldwide data. Scientific Report. 2016, IF=5.228
16S rDNA扩增子测序，研究不同部落印度人肠道微生物的多样性
2.Combined Signature of the Fecal Microbiome and Metabolome in Patients with Gout. Frontiers in Microbiology. 2017，IF=4.076
16S rDNA扩增子测序+代谢组─挖掘痛风患者菌群-代谢相互之间的作用关系
3.Dysbiotic gut microbiota causes transmissible Crohn’s disease-like ileitis independent of failure in antimicrobial defence. Gut. 2016, IF=14.921
16S rDNA扩增子测序+宏蛋白组学，肠道微生物在慢性回肠炎疾病进展中的作用机制
4.The Dynamics of the Human Infant Gut Microbiome in Development and in Progression toward Type 1 Diabetes. Cell Host & Microbe. 2015，IF=12.552
16S rDNA扩增子测序+宏基因组+代谢组─研究婴儿肠道微生物在Ⅰ型糖尿病发病过程中的动态变化
实验流程
应用方向
生物领域各个研究方面，如：
▶ 农林领域：抗逆胁迫机制，生长发育机制，育种保护研究等；
▶ 畜牧业：肉类及乳品质研究，致病机理研究等；
▶ 基础医学、临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，个性化治疗等；
▶ 生物医药：药物作用机理，药效评价，药物开发等；
▶ 生物能源、环境科学领域：发酵过程优化，生物燃料生产，环境危定风险评估研究等。
数据分析
生物领域各个研究方面，如：
▶ 农林领域：抗逆胁迫机制，生长发育机制，育种保护研究等；
▶ 畜牧业：肉类及乳品质研究，致病机理研究等；
▶ 基础医学、临床诊断：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，个性化治疗等；
▶ 生物医药：药物作用机理，药效评价，药物开发等；
▶ 生物能源、环境科学领域：发酵过程优化，生物燃料生产，环境危定风险评估研究等。
数据分析
| 分析内容 | 解决问题 |
| OUT聚类及物种注释 | 各样本的OUT聚类和注释结果 |
| 物种组成分析 | 各样本/分组在门、纲、目、科、属分类水平上的组成信息 |
| 进化分析 | 研究物种的系统进化关系 |
| 样品复杂度分析（Alpha多样性分析） | 分析各样品内微生物群落的多样性 |
| 样本比较分析（Beta多样性分析） | 分析各样本间的差异 |
| 组间群落结构差异分析 | 分析组间微生物群落结构的差异是否显著 |
| 组间物种差异分析 | 寻找组间具有显著差异的物种 |
技术优势
▶ 样本类型广泛：粪便、内容物、土壤、水体、淤泥、发酵物等样本
▶ 灵活：多种测序策略可满足16S/18S/ITS不同高变区域的研究需求
▶ 鉴定到“种”，准确性高：菌群多样性鉴定精细到“种”，分类更明确；从碱基保守水平测定，真实反映物种情况
▶ 平台优，数据质量高：基于优质的Illumina测序平台，数据质量高，Q30＞85%；
▶ 质控严格：严格的质控管理，确保每一个环节都出色完成
▶ 分析内容丰富：可选择与宏基因组、宏蛋白组、代谢组联合分析，分析内容更丰富。
参考文献
1.Gut bacterial diversity of the tribes of India and comparison with the worldwide data. Scientific Report. 2016, IF=5.228
16S rDNA扩增子测序，研究不同部落印度人肠道微生物的多样性
2.Combined Signature of the Fecal Microbiome and Metabolome in Patients with Gout. Frontiers in Microbiology. 2017，IF=4.076
16S rDNA扩增子测序+代谢组─挖掘痛风患者菌群-代谢相互之间的作用关系
3.Dysbiotic gut microbiota causes transmissible Crohn’s disease-like ileitis independent of failure in antimicrobial defence. Gut. 2016, IF=14.921
16S rDNA扩增子测序+宏蛋白组学，肠道微生物在慢性回肠炎疾病进展中的作用机制
4.The Dynamics of the Human Infant Gut Microbiome in Development and in Progression toward Type 1 Diabetes. Cell Host & Microbe. 2015，IF=12.552
16S rDNA扩增子测序+宏基因组+代谢组─研究婴儿肠道微生物在Ⅰ型糖尿病发病过程中的动态变化
公司简介
中科新生命（APTBIO）自2004年成立以来，已建立科技服务（蛋白/修饰/代谢研究）、生物医药表征确证及精准医疗三大服务平台。APTBIO前身为原中国科学院上海生命科学研究院蛋白质组研究分析中心对外服务部，是最早参与国际HLPP（肝脏）、HPPP（血浆）项目的平台之一，已获得CMA计量认证,邓白氏认证及ISO9001质量认证。作为国内提供质谱系统解决方案的领航者，中科新生命已在高水平SCI杂志上发表论文数百篇；获得各项发明专利和专业著作权数十项；并建立具有自主知识产权的实验室信息管理系统（LIMS），强化了实验室质量监测和质量管理，保证客户数据的高效安全性。APTBIO秉承“为人类健康事业做出贡献”的信念，整合蛋白质组、代谢组、临床诊疗及医药研发数据，为实现基础研究到临床的完美转化提供精准平台。
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