PROTAC蛋白质组学
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PROTACs (Proteolysis Targeting Chimeric Molecules)技术基于对靶蛋白泛素化，继而被蛋白酶体降解，以实现对不可成药靶点的干预。PROTACs药物分子结构包括靶蛋白配体，E3泛素化连接酶和连接二者的Linker。
PROTACs介导的靶蛋白降解过程包括
1）PROTAC结合靶蛋白后，E3泛素化连接酶对靶蛋白的泛素化；
2）被泛素化后蛋白将被蛋白酶体降解。
本实验通过质谱技术，从组学层面对PROTAC药物处理后的细胞（或组织）进行分析，尝试对上述两个关键环节进行定量分析：
1） 基于LC-MSMS平台的蛋白质组学分析：对PROTACs引起的蛋白谱变化进行定性定量分析，确认靶蛋白的降解和潜在脱靶情况；
2） 基于中科新生命PROTACs分析标准，对脱靶状态进行评估；
3） 对下调蛋白泛素化水平进行分析，考察被降解蛋白是否被药物泛素化；
*包括蛋白质定量、SDS-PAGE测试、酶解和质谱分析，对样本质量及样本之间的平行性进行初步判断。
2、脱靶范围分析：比较不同药物的脱靶风险，并对潜在脱靶蛋白生物学功能、细胞定位等进行分析；
3、作用机制分析：对降解蛋白是否基于PROTACs机制进行质谱分析和评估；
· 丰富的PROTACs项目经验，可根据靶蛋白特征设计检测策略；
· 结合行业经验评估实验药物的上靶脱靶情况
· 成熟的蛋白泛素化检测方案，可对蛋白泛素化修饰位点进行定性定量评估，助力linker和E3连接酶优化
2.Khan S , Zhang X , Lv D , et al. A selective BCL-XL PROTAC degrader achieves safe and potent antitumor activity[J]. Nature medicine,2019.
3.Sabicki M , Kozicka Z , Petzold G , et al. The CDK inhibitor CR8 acts as a molecular glue degrader that depletes cyclin K[J]. Nature.2020.
PROTACs介导的靶蛋白降解过程包括
1）PROTAC结合靶蛋白后，E3泛素化连接酶对靶蛋白的泛素化；
2）被泛素化后蛋白将被蛋白酶体降解。
本实验通过质谱技术，从组学层面对PROTAC药物处理后的细胞（或组织）进行分析，尝试对上述两个关键环节进行定量分析：
1） 基于LC-MSMS平台的蛋白质组学分析：对PROTACs引起的蛋白谱变化进行定性定量分析，确认靶蛋白的降解和潜在脱靶情况；
2） 基于中科新生命PROTACs分析标准，对脱靶状态进行评估；
3） 对下调蛋白泛素化水平进行分析，考察被降解蛋白是否被药物泛素化；
实验流程
应用方向
1、靶点降解分析：比较不同药物或不同浓度下对靶蛋白的降解能力；2、脱靶范围分析：比较不同药物的脱靶风险，并对潜在脱靶蛋白生物学功能、细胞定位等进行分析；
3、作用机制分析：对降解蛋白是否基于PROTACs机制进行质谱分析和评估；
数据分析
| 标准数据分析内容 | |
| 蛋白质总鉴定数量分析 | 蛋定与定量结果统计、差异结果统计、火山图、聚类热图 |
| 差异蛋白质功能分析 | 亚细胞定位、结构域分析、GO功能分析、KEGG通路分析、PPT互作网络分析 |
| 质量控制分析 | 肽段离子质量偏差分布、肽段离子得分分布、蛋白质丰度比分布 |
| 高级数据分析内容 | |
| WGCNA共表达分析 | 获得与表型强关联的核心蛋白质 |
| 趋势聚类分析 | 探讨蛋白质的表达趋势模式 |
技术优势
· 全平台蛋白质组学解决方案，由化药专业团队进行方案建议和优化；· 丰富的PROTACs项目经验，可根据靶蛋白特征设计检测策略；
· 结合行业经验评估实验药物的上靶脱靶情况
· 成熟的蛋白泛素化检测方案，可对蛋白泛素化修饰位点进行定性定量评估，助力linker和E3连接酶优化
参考文献
1.Esbroeck A , Janssen A , Cognetta A B , et al. Activity-based protein profiling reveals off-target proteins of the FAAH inhibitor BIA 10-2474[J]. Science (New York, N.Y.), 2017, 356(6342):1084-1087.2.Khan S , Zhang X , Lv D , et al. A selective BCL-XL PROTAC degrader achieves safe and potent antitumor activity[J]. Nature medicine,2019.
3.Sabicki M , Kozicka Z , Petzold G , et al. The CDK inhibitor CR8 acts as a molecular glue degrader that depletes cyclin K[J]. Nature.2020.
公司简介
中科新生命（APTBIO）自2004年成立以来，已建立科技服务（蛋白/修饰/代谢研究）、生物医药表征确证及精准医疗三大服务平台。APTBIO前身为原中国科学院上海生命科学研究院蛋白质组研究分析中心对外服务部，是最早参与国际HLPP（肝脏）、HPPP（血浆）项目的平台之一，已获得CMA计量认证,邓白氏认证及ISO9001质量认证。作为国内提供质谱系统解决方案的领航者，中科新生命已在高水平SCI杂志上发表论文数百篇；获得各项发明专利和专业著作权数十项；并建立具有自主知识产权的实验室信息管理系统（LIMS），强化了实验室质量监测和质量管理，保证客户数据的高效安全性。APTBIO秉承“为人类健康事业做出贡献”的信念，整合蛋白质组、代谢组、临床诊疗及医药研发数据，为实现基础研究到临床的完美转化提供精准平台。
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