4D-甲基化修饰蛋白质组学
服务详情
蛋白甲基化（Methylation）能修饰组蛋白、转录因子等蛋白上的甲基化变化，参与基因表达调控、相互作用等多种过程中。其发生过程是将甲基化通过甲基酶促转移到蛋白质的氨基酸残基上。蛋白质的甲基化通常发生在精氨酸和赖氨酸上，可同时连接最多3个甲基基团，其单/双/三甲基化的分子量会相应增加14.02 Da/28.03 Da/42.05 Da。质谱可准确测定这些分子量的变化，检测甲基化修饰肽段及位点的分析。 4D-label free甲基化修饰蛋白组学是基于timsTOF Pro质谱仪，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行甲基化差异蛋白质组学分析。4D-label free修饰组，利用了离子淌度分离，能根据分子的形状、截面积属性，可有效区分修饰同分异构多肽，极大提高修饰的鉴定深度，以更少上样量、更快扫描速度，实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。
▶ 稳定蛋白质，调控蛋白转录以及结合活性、DNA复制和损伤；
▶ 癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学的重要研究内容。
▶ 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制，灵活方便；
▶ 技术平台——基于代质谱平台（Bruker timsTOF pro），检测速度提升近一倍；
▶ 经验丰富——超16年蛋白平台服务经验，拥有丰富的高水平项目文章；
▶ 数据保证——采用进口金标抗体，数据结果稳定可靠；
▶ 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析，实现快捷”一站式”服务。
前沿技术4D蛋白质组学技术原理介绍
2.diaPASEF: parallel accumulation–serial fragmentation combined with data-independent acquisition. Nat Methods. 2020.
4D-DIA技术原理介绍：diaPASEF
实验流程
应用方向
▶ 染色质结构以及转录调控；▶ 稳定蛋白质，调控蛋白转录以及结合活性、DNA复制和损伤；
▶ 癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学的重要研究内容。
数据分析
| 标准数据分析内容 | |
| 蛋白质总鉴定数量分析 | 蛋白鉴定与定量结果统计、韦恩图分析、差异结果数量统计、火山图、聚类热图 |
| 差异蛋白质功能分析 | 亚细胞定位、结构域分析、motif分析、GO功能分析、KEGG通路分析、互作网络分析 |
| 质量控制分析 | 肽段离子质量偏差分布、肽段离子得分分布、蛋白质丰度比分布 |
| 高级数据分析内容 | |
| WGCNA共表达分析 | 获得与表型强关联的核心蛋白质 |
| 趋势聚类分析 | 探讨蛋白质的表达趋势模式 |
技术优势
▶ 4D技术加持，提高定量的准确性、鉴定深度，更加适合微量样本；▶ 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制，灵活方便；
▶ 技术平台——基于代质谱平台（Bruker timsTOF pro），检测速度提升近一倍；
▶ 经验丰富——超16年蛋白平台服务经验，拥有丰富的高水平项目文章；
▶ 数据保证——采用进口金标抗体，数据结果稳定可靠；
▶ 系统解决方案——提供修饰组学至验证、上下游联合分析，实现快捷”一站式”服务。
参考文献
1.Online Parallel Accumulation-Serial Fragmentation (PASEF) with a Novel Trapped Ion Mobility Mass Spectrometer. Mol Cell Proteomics. 2018.前沿技术4D蛋白质组学技术原理介绍
2.diaPASEF: parallel accumulation–serial fragmentation combined with data-independent acquisition. Nat Methods. 2020.
4D-DIA技术原理介绍：diaPASEF
公司简介
中科新生命（APTBIO）自2004年成立以来，已建立科技服务（蛋白/修饰/代谢研究）、生物医药表征确证及精准医疗三大服务平台。APTBIO前身为原中国科学院上海生命科学研究院蛋白质组研究分析中心对外服务部，是最早参与国际HLPP（肝脏）、HPPP（血浆）项目的平台之一，已获得CMA计量认证,邓白氏认证及ISO9001质量认证。作为国内提供质谱系统解决方案的领航者，中科新生命已在高水平SCI杂志上发表论文数百篇；获得各项发明专利和专业著作权数十项；并建立具有自主知识产权的实验室信息管理系统（LIMS），强化了实验室质量监测和质量管理，保证客户数据的高效安全性。APTBIO秉承“为人类健康事业做出贡献”的信念，整合蛋白质组、代谢组、临床诊疗及医药研发数据，为实现基础研究到临床的完美转化提供精准平台。
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