10x Genomics单细胞转录组测序服务
对于多细胞生物来说,细胞与细胞之间是存在差异的。受精卵从一个细胞开始分裂到最终发育成成熟的个体,各种功能细胞之间的差异会越来越大,表达各自不同的基因,决定不同的生理功能。疾病的发生过程中,伴随多种细胞的参与,不同细胞也会受到不同影响,如肿瘤的异质性、原发灶、转移灶、肿瘤微环境细胞等其基因表达有很大的差异,这些差异决定了肿瘤细胞对治疗的反应。
传统的研究方法由于技术限制,是在多细胞水平进行的,获得的基因表达信息是细胞群体的平均信号,丢失了细胞个体特异的基因表达信息。为了更加精细地研究基因表达于细胞功能的关系,单细胞水平进行检测是更加准确的方法,获得的基因表达信息也更加直观。单细胞测序的发展将基因表达于细胞功能的研究带入了一个新的时代。
单细胞测序解决了单个细胞RNA量少的问题:
在单细胞测序出现之前,主要是Bulk RNA-seq,即测量一个大的细胞群体中每一个基因的平均表达水平,但对于基因表达的本质研究不够深入,很多基因表达的时空信息被掩盖。scRNA-seq直到2014年后才降测序费用降低到可接受的水平,逐渐进入大家的视野。它测定的是细胞种群中每个细胞中的基因的表达量分布,对于研究特定细胞基因表达的变化意义重大。能同时测定的细胞数量从最初的几十上百个到现在的成千上万个,向着高通量的方向快速发展。将研究推升到一个更加精准的方向。
单细胞测序可以解决的科学问题
1.研究对象中细胞一共分多少群?
2.每个群对应哪种细胞?
3.如何定义新的细胞类群?
4.已知的某类细胞是否可分成几个亚群?
5.每个细胞群/亚群的marker基因?
6.不同样本(病人)间的细胞构成有何差异?
7.细胞构成和基因表达差异与表型的关系?
技术参数 |
样本的要求
1. 总量> 10*目标细胞个数(最少10,000个细胞);
2. 浓度500-1,000个/uL;
3. 细胞间无粘连(成团率<5%);
4. 无大于40um的细胞碎片或其他颗粒物;
5. 细胞成活率应大于80%(台盼蓝染色检测);
6. 不存在逆转录抑制剂和非细胞的核酸分子。
常规项目周期 |
45-50个工作日
分析内容单细胞转录组 | 分析内容 |
标准分析 | 1. 数据预处理 |
1.1 基因组比对及基因表达定量 | |
1.2 基因及样本过滤 | |
1.3 细胞周期效应评估 | |
2. 细胞聚类和可视化 | |
2.1 louvain算法聚类 | |
2.2 T-SNE、umap、Force-directed graph drawing可视化 | |
高级分析 | 3. 细胞类型注释 |
3.1 细胞类型注释及可视化 3.2 Marker基因heatmap 3.3 Marker基因小提琴图 |
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4. Marker基因分析 | |
4.1 Logistic Regression算法 4.2 t-test_overestim算法 4.3 Wilcoxon算法 |
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5. 多样本比较分析 | |
5.1 各样本中的细胞类型分布比例统计 5.2 各样本和Cluster中细胞数目统计 5.3 各样本和Cluster中转录本表达丰度统计 5.4 各样本和cluster中基因数目统计 |
细胞群体能被分成多种亚群 | 不同亚群的细胞表达不同的marker基因 |
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(来自文献nature, A human liver cell atlas reveals heterogeneity and epithelial progenitors. 2019)
斑马鱼(北京)科技有限公司,是实验室整体解决方案的专家,专注于为生命科学、医学研究、药物研发、食品安全、环境分析等领域提供全球先进的实验室仪器设备和试剂。
同时,我们拥有专业的实验室和技术人员,提供单细胞悬液制备、单细胞测序、空间转录组、组织空间原位多组学分析、Olink多重细胞因子及蛋白标志物组学检测、外泌体提取及表征、分子互作检测、细胞影像平台、个性化生物信息分析等实验技术服务。
公司主要服务于国家的重点高校和医院建设,重大科学研究和试验发展项目,以及国内外企业的研发机构。主要客户包括清华大学、北京大学、南开大学、郑州大学、哈尔滨工业大学、兰州大学、西安交通大学、中科院、中国医科院、中国农科院、军科院、协和医院、阜外医院、天坛医院、301医院、北大附属医院等。
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公司合作的部分品牌包括:
美国安捷伦:流式细胞仪、BioTek酶标仪、细胞成像微孔板检测仪、Seahorse细胞能量代谢分析仪、xCELLigence RTCA实时无标记细胞分析系统;
美国10x Genomics:单细胞测序、空间转录组、组织空间原位多组学分析;
瑞典Olink:高灵敏多重微量的细胞因子及蛋白标志物分析系统;
美国TA仪器(沃特世公司):ITC等温滴定微量热仪、DSC差示扫描微量热仪;
德国Merck Millipore:微流控细胞芯片分析仪、单分子免疫检测平台;
美国PerkinElmer:小动物活体成像、酶标仪、高内涵成像;
瑞士罗氏诊断:荧光定量PCR、数字PCR、核酸提取系统;
日本基恩士:多功能超景深显微成像系统;
美国ProteinSimple:全自动Western Blot、细胞因子分析系统;
德国Particle Metrix:NTA纳米颗粒跟踪分析仪(外泌体表征);
荷兰Metris:小动物笼内精细行为检测分析系统、小动物超声波发声检测分析系统;
德国Cultex:动物多功能暴露染毒系统,细胞暴露染毒系统;
以服务生命科学领域科研事业为己任,以为客户提供优质的完整的实验室解决方案为使命,以客户为中心,以专业人才为保障,为客户提供专业的长期的优良服务。更多相关信息欢迎和我们联系,400-155-1717。
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